La plupart des médicaments administrés aux femmes enceintes traversent le placenta par diffusion passive. Le transfert placentaire varie en fonction des caractéristiques physicochimiques des molécules et de facteurs placentaires. Ce transfert a été utilisé comme mode d'administration de plusieurs médicaments dans le traitement ou la prévention de différentes affections foetales. Le traitement anténatal par les glucocorticoïdes diminue le risque de mortalité des patients atteints de la maladie des membranes hyalines et traités après la naissance par le surfactant ; le schéma de traitement est bien établi. Le phénobarbital diminue l'incidence des hémorragies intraventriculaires, les modalités de son administration restent néanmoins à préciser (moment de mise en route du traitement et posologie). L'administration de pénicilline ou d'ampicilline avant l'accouchement permet d'éviter 50 % des infections néonatales dans une population à risque. Le traitement de la toxoplasmose maternelle est recommandé (spiramycine et association pyriméthamine-sulfadiazine) pour prévenir l'atteinte foetale. Le risque de transmission maternelle du virus de l'immunodéficience humaine (VIH) diminue des deux tiers lorsqu'un traitement in utero est instauré chez les femmes infectées. Les dysfonctionnements thyroïdiens du foetus sont traités in utero, par administration intramniotique de thyroxine en cas d'hypothyroïdie, par administration d'antithyroïdiens à la mère en cas d'hyperthyroïdie. Le traitement anténatal de l'hyperplasie congénitale des surrénales repose sur l'utilisation précoce de glucocorticoïdes. Un traitement anténatal par l'indométacine permet de réduire des hydramnios. De nombreux médicaments antiarythmiques sont utilisés pour traiter les tachycardies supraventriculaires du foetus. La digoxine est le médicament le plus habituellement utilisé ; la flécaïnide l'est en cas d'échec.

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