Les hémophilies sont des maladies hémorragiques héréditaires à transmission récessive liée à l'X. Elles sont caractérisées par un déficit en facteur (F) VIII (hémophilie A) ou en FIX (hémophilie B) de la coagulation. La symptomatologie hémorragique est corrélée au taux plasmatique résiduel en FVIII ou FIX. Les hémophiles sont classés en trois grades de sévérité : sévères (FVIII:C/FIX:C < 1 %), modérés (FVIII:C/FIX:C 1- < 5 %) et mineurs (FVIII:C/FIX:C 5-40 %). Les hémophilies sont causées par une grande variété d'anomalies génétiques affectant les gènes F8 et F9. Plus de 3000 variants pathogènes ou probablement pathogènes pour le gène F8 et 1200 pour le gène F9 sont décrits à ce jour. Environ la moitié des cas d'hémophilie A sévère sont causés par deux grandes inversions récurrentes du gène F8 appelées inversion de l'intron 1 et inversion de l'intron 22. Ces réarrangements doivent être recherchés en priorité chez ces patients. Les autres cas d'hémophilie A ou B sont causés essentiellement par des variants de petite taille (non-sens, faux-sens, variants d'épissage) répartis sur la totalité des gènes F8 et F9. En France, une petite délétion intronique profonde localisée dans l'intron 13 du gène F8 (c.2113+449_2113+473) est responsable d'environ 5 % des formes mineures d'hémophilie A. Cette variation doit être systématiquement recherchée chez ces patients. Le diagnostic moléculaire identifie le variant causal dans plus de 99 % des cas d'hémophilie sévère et dans 95 à 98 % des cas d'hémophilie non sévère. Le diagnostic moléculaire permet la confirmation du diagnostic et présente un intérêt pronostique pour le patient, notamment sur le risque d'apparition d'inhibiteurs antifacteur, le principal effet indésirable des thérapies substitutives des hémophilies. Mais surtout, le génotypage est indispensable pour la détection des conductrices d'hémophilie, le conseil génétique et le diagnostic prénatal.