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P 31 - AUTOMABIO : un outil pour automatiser la saisie des bilans biologiques dans les eCRF de recherche clinique - 10/05/24

Doi : 10.1016/j.jeph.2024.202471 
R. Schiappa 1, , O. Trancart 2, L. Petitjean 2, A. Garoche 2, S. Contu 1, E. Chamorey 1
1 Centre Antoine Lacassagne, Département d'épidémiologie, de biostatistique, et des données de santé (DEBDS), Nice, France 
2 INSA, Department of BioSciences, Villeurbanne, France 

Auteur correspondant

Résumé

Introduction

La saisie des données dans les cahiers d'observations électroniques (eCRF) des études cliniques est une activité très chronophage et source d'erreur pour les assistants de recherche clinique (ARC). Certaines données nécessitent l'expertise d'un ARC alors que d'autres sont de simples « copier-coller ». Les résultats des bilans biologiques (LB) en font partie. Ils sont particulièrement nombreux puisqu'ils représentent entre 25 % et 50 % des pages d'une étude, soit environ 4000 champs par patient. Leur saisie est fastidieuse et les résultats sont quasi systématiquement accompagnés des unités et des normes qui sont également à renseigner. L'automatisation de ce travail très répétitif devrait permettre de libérer du temps aux ARC qui pourront se concentrer sur les données nécessitant d’être traitées par un expert du domaine. Nous proposons AUTOMABIO, un logiciel qui vient en support de la saisie, qui récupère les LB et saisit automatiquement les données dans l'eCRF, sous la supervision de l'ARC.

Méthodes

AUTOMABIO, développé en python, est connecté à la base de données des LB du Centre Antoine Lacassagne (CAL) qui sont récupérés automatiquement tous les jours au format HL7. L'ARC lance AUTOMABIO qui va prendre le contrôle du navigateur internet. L'ARC se connecte à l'eCRF (CSOnline par Ennov Clinical) et indique dans l'interface graphique d'AUTOMABIO le numéro de dossier du patient (IPP) ainsi que la date du LB d'intérêt. AUTOMABIO récupère et affiche les données. L'ARC se rend sur la page souhaitée de l'eCRF et clique sur le bouton « AUTOMABIO ». Le logiciel va analyser le code source de la page afin de repérer les champs et les informations attendues puis les matcher avec les informations contenues dans le LB récupéré. Les données ainsi matchées vont être complétées automatiquement dans chaque champ correspondant. Les données non matchées sont présentées à l'ARC pour la réalisation d'un matching manuel qui sera partagé avec tous les ARC.

Résultats

Les premiers tests réalisés sont concluants avec 50 % des données saisies automatiquement par page de bilan biologique, et ce en réduisant de 50 % le temps de la saisie manuelle. Aucune erreur de saisie n'a été identifiée. Pour les champs non matchés, le mapping manuel a permis d'améliorer les performances mais nécessite encore des ajustements. Un délai de 1 seconde entre la saisie de chaque champ a été programmé, ce délai devra être optimisé afin de raccourcir le temps de saisie. Une prochaine version intégrera la possibilité de changer l'unité des résultats en fonction de celles détectées ou spécifiées par l'ARC. Le logiciel ne demande pas une saisie du SUBJID mais seulement l'IPP, la correspondance est réalisée par l'ARC qui se connecte dans l'eCRF au dossier correspondant, ce qui garantit le pseudonymat des patients dans l'eCRF.

Conclusion

AUTOMABIO permet de réduire le temps et d'améliorer la qualité de saisie. Il est possible de manuellement lui apprendre à reconnaître les champs, ce qui accélérera les futures saisies pour tous les utilisateurs, l'apprentissage étant partagé. L'approche originale d'AUTOMABIO qui se base sur le code source offre de larges possibilités de généralisation aux autres établissements de santé. La majorité des LB étant enregistrés selon la norme HL7, il sera là encore possible de l'adapter à d'autres structures. A terme, nous souhaitons élargir les possibilités d'AUTOMABIO à l'ensemble des données des eCRF en nous appuyant sur nos outils de structuration automatique par intelligence artificielle.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Mots-clés : ECRF, Recherche clinique, Automatisation, Bilans biologiques



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Vol 72 - N° S2

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