Les microsporidioses intestinales sont des infections cosmopolites causées par des pathogènes intracellulaires apparentés aux champignons. Les principales espèces responsables sont Enterocytozoon bieneusi , Encephalitozoon intestinalis et Encephalitozoon hellem . Ces anthropozoonoses sont responsables de diarrhées aiguës chez l'individu immunocompétent et chroniques chez l'immunodéprimé. Aujourd'hui, en France, les populations immunodéprimées les plus touchées sont les patients greffés d'organe solide. Le diagnostic de ces infections a été facilité et s'est étendu en dehors de l'hôpital au cours des dernières années grâce à l'apparition de méthodes de diagnostic moléculaire multiplex commerciales ciblant les eucaryotes pathogènes intestinaux, dont les microsporidies. Ainsi, le nombre de cas diagnostiqués chez l'immunocompétent est en augmentation.