La médecine de précision vise à intégrer les caractéristiques individuelles des patients dans les décisions thérapeutiques. La métabolomique et la pharmaco-métabolomique permettent d’explorer directement le phénotype biologique en analysant l’ensemble des métabolites présents dans un organisme. Ces approches offrent une vision intégrative tenant compte des interactions entre génome, environnement, microbiote et mode de vie. Elles ouvrent la voie à une meilleure prédiction de l’efficacité des traitements et à une réduction des effets indésirables. Leur mise en œuvre se heurte toutefois à des défis techniques, analytiques, organisationnels et réglementaires. Les Ateliers de Giens 2025 ont réuni des experts académiques, institutionnels et industriels afin d’identifier les ambitions de la pharmaco-métabolomique et les obstacles à son développement afin de proposer des recommandations. Ces recommandations concernent la standardisation des pratiques, la formation des professionnels, l’interopérabilité des données et l’accessibilité des outils analytiques. La pharmaco-métabolomique apparaît ainsi comme un levier majeur pour l’intégration du phénotype biologique dans la médecine personnalisée à l’horizon 2030.