Les bactéries anaérobies strictes font partie de tous les microbiotes humains. Lorsqu'elles quittent leur territoire originel, elles peuvent se comporter comme des pathogènes opportunistes et être responsables d'infections sévères, de contiguïté, le plus souvent polymicrobiennes. Les bactéries anaérobies agissent alors en synergie avec les bactéries aérobies pour conduire à des infections mixtes, grâce à leurs divers facteurs de virulence. Des infections monomicrobiennes sévères sont également dues à des bactéries anaérobies. Bien que majoritairement d'origine endogène, les infections impliquant des bactéries anaérobies peuvent également être d'origine exogène comme c'est le cas pour le botulisme et le tétanos par exemple. La taxonomie des bactéries anaérobies est en perpétuelle évolution. Les principaux pathogènes humains comprennent les Bacteroides du groupe fragilis , Fusobacterium spp., Prevotella spp. et Porphyromonas spp. pour les bacilles à Gram négatif, Clostridium spp. et Cutibacterium spp. pour les bacilles à Gram positif, Finegoldia magna et Parvimonas micra pour les cocci à Gram positif, et les bactéries du genre Veillonella pour les cocci à Gram négatif. Ces bactéries sont actuellement majoritairement identifiées par spectrométrie de masse mais, du fait de bases de spectres incomplètes, le recours à des méthodes d'identification moléculaire, voire phénotypiques, incluant l'épreuve des taxodisques et la réalisation de galeries d'identification, est parfois justifié. Les protocoles d'antibiothérapie probabiliste doivent tenir compte de la localisation de l'infection et du niveau de résistance connu des espèces de bactéries anaérobies impliquées. Ainsi, en cas d'infection digestive, l'antibiothérapie doit être efficace sur les Bacteroides du groupe fragilis et, en cas d'infection respiratoire, sur les Prevotella , Porphyromonas , Fusobacterium et les cocci à Gram positif. Dans certains cas, la sensibilité aux antibiotiques doit être évaluée, celle-ci est alors le plus souvent déterminée par une méthode de diffusion en gélose utilisant des disques ou des bandelettes imprégnés d'antibiotiques actifs sur les bactéries anaérobies. Parmi les bactéries anaérobies, les espèces de Bacteroides du groupe fragilis sont actuellement considérées comme les plus résistantes aux antibiotiques ; certaines souches multirésistantes aux antibiotiques ainsi que de rares souches produisant des carbapénémases sont décrites.