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From functional genomics to systems biology: concepts and practices - 01/01/03

Doi : 10.1016/j.crvi.2003.09.033 

Charles  Auffray a * ,  Sandrine  Imbeaud a ,  Magali  Roux-Rouquié b ,  Leroy  Hood c *Corresponding author.

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Résumé

Systems biology is the iterative and integrative study of biological systems as systems in response to perturbations. It is founded on hypotheses formalized in models built from the results of global functional genomics analyses of the complexity of the genome, transcriptome, proteome, metabolome, etc. Its implementation by cross-disciplinary teams in a standardized mode under quality assurance should allow accessing the small variations of the large number of elements determining functioning of biological systems. Galactose utilization in yeast, and sea urchin development are two examples of emerging systems biology. To cite this article: C. Auffray et al., C. R. Biologies 326 (2003).

Résumé

La biologie systémique est l'étude itérative et intégrative des systèmes biologiques en tant que systèmes en réponse à des perturbations. Elle se fonde sur des hypothèses formalisées dans des modèles construits à partir des résultats d'analyses globales de génomique fonctionnelle abordant la complexité du génome, du transcriptome, du protéome, du métabolome, etc. Sa mise en oeuvre par des équipes interdisciplinaires de manière standardisée sous assurance qualité donnera accès aux faibles variations des nombreux éléments qui déterminent le fonctionnement des systèmes biologiques. L'utilisation du galactose par la levure et le développement de l'oursin sont deux exemples de biologie systémique émergente. Pour citer cet article : C. Auffray et al., C. R. Biologies 326 (2003).

Mots clés  : functional genomics ; integration ; interdisciplinarity ; modeling ; quality assurance ; systems biology.

Mots clés  : assurance qualité ; biologie systémique ; génomique fonctionnelle ; intégration ; interdisciplinarité ; modélisation.

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Vol 326 - N° 10-11

P. 879-892 - octobre-novembre 2003 Retour au numéro
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  • Foreword: from the conferences to the International Consortium
  • Charles Auffray, Zhu Chen, Leroy Hood, Bento Soares, Sumio Sugano
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  • From the messenger RNA saga to the transcriptome era
  • François Gros

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