Concatenation cDNA sequencing for transcriptome analysis - 01/01/03
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Résumé |
We describe a high-throughput cDNA sequencing pipeline (http://www.hgsc.bcm.tmc.edu/projects/cdna) built in response to the emerging need for rapid sequencing of large cDNA collections. Using this strategy cDNA inserts are purified and joined through concatenation into large molecules. These pseudo-BACs' are subjected to random shotgun sequencing whereby the majority of cDNA inserts in the pool are sequenced. Using this concatenation cDNA sequencing platform, we have contributed more than 13000 full-length cDNA sequences from human and mouse to the Mammalian Gene Collection (MGC). To cite this article: P.H. Gunaratne et al., C. R. Biologies 326 (2003).
Résumé |
Nous décrivons une chaîne de séquençage à haut débit (http://www.hgsc.bcm.tmc.edu/projects/cdna/), construite en réponse au besoin émergent de séquençage rapide de grandes collections d'ADNc. Les inserts d'ADNc sont purifiés et joints par concaténation en de grandes molécules. Ces « pseudo-BAC » sont soumis au séquençage aléatoire qui permet de séquencer la majorité des inserts regroupés. En utilisant cette plate-forme de séquençage d'ADNc par concaténation, nous avons soumis plus de 13000 séquences de clones d'ADNc humains et murins de pleine longueur à la Mammalian Gene Collection (MGC). Pour citer cet article : P.H. Gunaratne et al., C. R. Biologies 326 (2003).
Mots clés : cDNA ; concatenation cDNA sequencing ; Mammalian Gene Collection ; transcriptome.
Mots clés : ADN ; Mammalian Gene Collection ; séquençage d'ADNc par concaténation ; transcriptome.
Plan
Vol 326 - N° 10-11
P. 971-977 - octobre-novembre 2003 Retour au numéro
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