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High-throughput classification of images of cells transfected with cDNA clones - 01/01/03

Doi : 10.1016/j.crvi.2003.09.014 

Reiko  Minamikawa-Tachino a * ,  Noriko  Kabuyama b ,  Toshiyuki  Gotoh b ,  Seiichiro  Kagei b ,  Masatoshi  Naruse c ,  Yasutomo  Kisu d ,  Takushi  Togashi e ,  Sumio  Sugano e ,  Hitohide  Usami f ,  Nobuo  Nomura d *Corresponding author.

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Résumé

The sequence of the human genome has been determined. The next task is to determine the function of the genes. Classifying cellular forms of proteins encoded by human cDNA clones is a primary step toward understanding the biological role of proteins and their coding genes. We report here our ongoing work on an automatic system to facilitate this classification. Our system handles the transfection, incubation, acquisition of microscopic images of the cells, and the classification of forms there appearing in the images. Our system correctly classified proteins by their forms at a rate of 90% in feasibility studies. To cite this article: R. Minamikawa-Tachino et al., C. R. Biologies 326 (2003).

Résumé

Le génome humain a été séquencé. Il est désormais nécessaire d'élucider la fonction des produits des gènes exprimés. Visualiser et classifier la forme cellulaire des protéines codées par des clones d'ADNc humains constitue une première étape dans la compréhension du rôle biologique de la protéine et des gènes qui la codent. Nous décrivons le développement en cours d'un système automatique de classification d'images. Notre système englobe la transfection, l'incubation, l'acquisition d'images des cellules vues au microscope et la classification automatique de ces images. Il permet d'obtenir une classification optimale dans 90 % des études de faisabilité. Pour citer cet article : R. Minamikawa-Tachino et al., C. R. Biologies 326 (2003).

Mots clés  : functional genomics ; fluorescence protein ; human full length cDNA ; image processing ; protein localization ; pattern classification ; subspace method.

Mots clés  : ADNc humain complet ; classification de patterns ; génomique fonctionnelle ; localisation des protéines ; méthode des sous-espaces ; protéine fluorescente ; traitement d'image.

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Vol 326 - N° 10-11

P. 993-1001 - octobre-novembre 2003 Retour au numéro
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  • Small open reading frames in untranslated regions of mRNAs
  • Riu Yamashita, Yutaka Suzuki, Kenta Nakai, Sumio Sugano
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  • cDNAs for functional genomics and proteomics: the German Consortium
  • Stefan Wiemann, Alexander Mehrle, Stephanie Bechtel, Ruth Wellenreuther, Rainer Pepperkok, Annemarie Poustka

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