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In vivo filtering of in vitro expression data reveals MyoD targets - 01/01/03

Doi : 10.1016/j.crvi.2003.09.035 

Po  Zhao a ,  Jinwook  Seo b ,  Zuyi  Wang ac ,  Yue  Wang d ,  Ben  Shneiderman b ,  Eric P.  Hoffman a * *Corresponding author.

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Résumé

A published set of downstream targets of MyoD defined in a well-controlled in vitro experiment was filtered for relevance to muscle regeneration using a 27-time-point in vivo murine regeneration series. Using interactive hierarchical and Bayes soft clustering, only a minority of the targets defined in vitro can be confirmed in vivo (  of induced transcripts, and none of repressed transcripts). This approach provided strong support that 18 targets including of MyoD are biologically relevant during myoblast differentiation. To cite this article: P. Zhao et al., C. R. Biologies 326 (2003).

Résumé

. Un ensemble publié de cibles en aval de MyoD, défini dans une expérience bien contrôlée in vivo a été filtrée par sa relation avec la régénération musculaire en utilisant une série temporelle de 27 points de régénération chez la souris. En utilisant des regroupements hiérarchiques ou bayésiens, seule une minorité des cibles définies in vitro peuvent être confirmées in vivo (  des transcrits induits et aucun des transcrits réprimés). Cette approche a fourni de fortes indications selon lesquelles 18 cibles (dont 13 nouvelles) de MyoD sont biologiquement importantes pendant la différenciation des myoblastes. Pour citer cet article : P. Zhao et al., C. R. Biologies 326 (2003).

Mots clés  : clustering ; expression profiling ; microarray ; muscle regeneration ; MyoD.

Mots clés  : microréseaux ; MyoD ; profil d'expression ; régénération musculaire ; regroupement.

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Vol 326 - N° 10-11

P. 1049-1065 - octobre-novembre 2003 Retour au numéro
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