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GeneNote: whole genome expression profiles in normal human tissues - 01/01/03

Doi : 10.1016/j.crvi.2003.09.012 

Orit  Shmueli a * ,  Shirley  Horn-Saban b ,  Vered  Chalifa-Caspi b ,  Michael  Shmoish a ,  Ron  Ophir b ,  Hila  Benjamin-Rodrig ac ,  Marilyn  Safran b ,  Eytan  Domany c ,  Doron  Lancet a *Corresponding author.

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Résumé

A novel data set, GeneNote (Gene Normal Tissue Expression), was produced to portray complete gene expression profiles in healthy human tissues using the Affymetrix GeneChip HG-U95 set, which includes 62839 probe-sets. The hybridization intensities of two replicates were processed and analyzed to yield the complete transcriptome for twelve human tissues. Abundant novel information on tissue specificity provides a baseline for past and future expression studies related to diseases. The data is posted in GeneNote (http://genecards.weizmann.ac.il/genenote/), a widely used compendium of human genes (http://bioinfo.weizmann.ac.il/genecards). To cite this article: O. Shmueli et al., C. R. Biologies 326 (2003).

Résumé

Un nouveau jeu de données, GeneNote (Gene Normal Tissue Expression), a été produit pour décrire les profils d'expression complets des gènes dans les tissus humains sains, en utilisant les puces GeneChip HG-U95 d'Affymetrix, qui comprennent 62839 jeux de sondes. Les intensités d'hybridation de deux réplicats ont été traités et analysés pour décrire le transcriptome complet pour douze tissus humains. Les données nouvelles abondantes sur la spécificité tissulaire fournissent une base de référence pour les études d'expression passées et futures en relation avec les maladies. Les données sont accessibles dans GeneNote (http://genecards.weizmann.ac.il/genenote/) une compilaton de gènes humains largement utilisée (http://bioinfo.weizmann.ac.il/genecards). Pour citer cet article : O. Shmueli et al., C. R. Biologies 326 (2003).

Mots clés  : microarray ; transcriptome ; expression profile ; normal human tissues ; GeneCards.

Mots clés  : microréseau ; transcriptome ; profil d'expression ; tissus humains normaux ; GeneCards.

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Vol 326 - N° 10-11

P. 1067-1072 - octobre-novembre 2003 Retour au numéro
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  • In vivo filtering of in vitro expression data reveals MyoD targets
  • Po Zhao, Jinwook Seo, Zuyi Wang, Yue Wang, Ben Shneiderman, Eric P. Hoffman
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  • ArrayExpress: a public database of gene expression data at EBI
  • Philippe Rocca-Serra, Alvis Brazma, Helen Parkinson, Ugis Sarkans, Mohammadreza Shojatalab, Sergio Contrino, Jaak Vilo, Niran Abeygunawardena, Gaurab Mukherjee, Ele Holloway, Misha Kapushesky, Patrick Kemmeren, Gonzalo Garcia Lara, Ahmet Oezcimen, Susanna-Assunta Sansone

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