En dehors des atteintes rénales non spécifiques, trois grands types de lésions rénales isolées ou associées apparaissent liés à l'infection du VIH : la néphropathie associée au VIH (NAVIH), les glomérulopathies prolifératives à dépôts immuns et les néphropathies interstitielles lymphoplasmocytaires. La NAVIH, observée essentiellement chez les sujets noirs, se traduit par un syndrome néphrotique d'évolution habituellement rapide vers l'insuffisance rénale chronique terminale ; les lésions histologiques associent à une glomérulosclérose, des lésions tubulo-interstitielles, dont la coexistence est très évocatrice du diagnostic. Un certain nombre de faits expérimentaux et cliniques plaident en faveur d'un rôle direct de l'infection par le VIH au niveau des cellules rénales dans la genèse de ces lésions. Les glomérulopathies à dépôts immuns sont les atteintes les plus fréquemment observées chez les sujets caucasiens, en particulier les glomérulonéphrites prolifératives diffuses lupus like et les néphropathies glomérulaires à dépôts mésangiaux d'immunoglobulines A (IgA). Des syndromes hémolytiques et urémiques associés à l'infection par le VIH ont également été rapportés.

Des atteintes rénales variées ont été décrites chez les patients toxicomanes, notamment chez les héroïnomanes la néphropathie associée à l'héroïne, glomérulosclérose focale et segmentaire associée à une atrophie tubulaire et à une fibrose interstitielle, dont la pathogénie exacte reste mal connue, le rôle des impuretés associées à l'héroïne pouvant être important. D'autres variétés de glomérulonéphrites ainsi que des vascularites ont également été décrites.

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