Au cours des 20 dernières années, l’incidence des infections fongiques, tant superficielles que profondes, a augmenté de façon considérable. Ces pathologies surviennent le plus souvent chez des patients fragilisés (transplantations d’organes, greffes de moelle, chimiothérapies aplasiantes, nouveaux immunosuppresseurs, …). Si les malades et les traitements ont évolué, les champignons impliqués dans les pathologies se sont, eux aussi, diversifiés. On observe en effet l’émergence d’espèces auparavant inconnues du milieu médical, ainsi que la réémergence d’espèces au pouvoir pathogène établi, mais qui sont responsables de nouvelles formes cliniques, survenant sur des terrains différents. Ces infections sont associées à des taux de mortalité élevés, souvent liés à un retard au diagnostic. La liste des « nouveaux champignons » isolés en pathologie humaine s’allonge ainsi chaque jour. Les nouveaux outils moléculaires ont permis d’identifier avec précision les différentes souches isolées.

Mais les infections fongiques émergent aussi chez les sujets immunocompétents. Ainsi, la prévalence des mycoses à champignons « exotiques » augmente en zone d’endémie. Par ailleurs, de nombreux champignons filamenteux sont responsables de colonisation chronique des voies respiratoires chez les patients atteints d’affections respiratoires chroniques comme la mucoviscidose. Les onychomycoses sont également plus fréquentes dans la population générale, et on rapporte un nombre croissant de mycoses cutanées chez les sportifs. Le meilleur suivi des patients et la généralisation des dépistages systématiques contribuent certainement en grande partie à cette émergence.

Les espèces rencontrées sont essentiellement des Ascomycètes ou des formes asexuées (Deutéromycètes) apparentées à ces derniers, plus rarement des Zygomycètes (Mucorales) et des Basidiomycètes. Nous passerons en revue les différents groupes de champignons : levures (Candida, Cryptococcus, …), filamenteux (Aspergillus, Fusarium, Scedosporium, Alternaria, Exophiala, …), dimorphiques (Histoplasma, Coccidioides, Penicillium marneffei, …) et les espèces assimilées d’intérêt médical, en insistant sur les espèces émergentes nouvellement décrites.

The incidence of fungal infections has significantly increased during the past two decades. These diseases mainly occur in susceptible patients (organ or bone marrow transplantation, haematological malignancies, immunosuppressive drugs, …). Patients and treatments have changed, as well as fungi which are involved in infections. Indeed, species that were previously unknown to the medical community are now emerging, likewise well known pathogenic species are now responsible for new clinical forms. Invasive fungal infections are associated with high mortality rates, often related to delayed diagnosis. The list of “new fungi” isolated in human is growing every day. Molecular tools allowed identifying these species.

Fungal infections, however, are also emerging in immunocompetent patients. Thus, the prevalence of infections due to dimorphic fungi is increasing in endemic areas. Moreover, many filamentous fungi are responsible for chronic colonization of the airways in patients suffering from chronic respiratory diseases such as cystic fibrosis. Onychomycosis are also more frequent in the general population, and a growing number of skin mycosis is reported among athletes. The improved monitoring of patients and the widespread use of systematic screenings have probably largely contributed to this emergence.

The species encountered mainly belong to Ascomycetes or to relative Deuteromycetes, less frequently to Zygomycetes or to Basidiomycetes. The different groups of fungi will be reviewed: yeasts (Candida, Cryptococcus, …), moulds (Aspergillus, Fusarium, Scedosporium, Alternaria, Exophiala, …), dimorphic fungi (Histoplasma, Coccidioides, Penicillium marneffei, …) and relative species of medical importance, with a special emphasis on emerging new species.