Le côlon humain héberge une communauté microbienne extrêmement dense, composée essentiellement d’espèces anaérobies strictes. Ce microbiote intestinal exerce de nombreuses fonctions physiologiques ayant des répercussions importantes sur la nutrition et la santé de l’hôte. Parmi ces fonctions, la fermentation des substrats joue un rôle majeur par la diversité des métabolites produits. Ces processus fermentaires sont fortement corrélés à la nature des substrats disponibles. Ceux-ci sont de deux origines : exogène (alimentaire/polyosides d’origine végétale) et endogène (produits par l’hôte, source importante d’azote). La plupart des métabolites fermentaires synthétisés par le microbiote intestinal sont absorbés puis utilisés par l’hôte. La majorité de ces métabolites sont potentiellement bénéfiques pour l’hôte, toutefois certains peuvent avoir des effets délétères pour la santé. Les interactions entre l’aliment, le microbiote intestinal et l’hôte ont donc un rôle essentiel dans le maintien de l’homéostasie de l’écosystème. Toute rupture de l’équilibre entre ces éléments est susceptible de modifier le fonctionnement de l’écosystème et de conduire à un état pathologique, en particulier au niveau digestif.

The human large intestine is colonized by a complex community, largely composed of strictly anaerobic bacteria that exert numerous physiological functions impacting host nutrition and health. Among these functions, the fermentation of substrates is of main importance for host health through production of a large variety of metabolites. The metabolic capacities of the human gut microbiota are correlated with the nature of the substrates available for fermentation in the colon. These substrates are from exogenous (dietary fibres that are mainly plant polysaccharides) and endogenous origins (produced by the host and represent important source of nitrogen). The metabolites produced from the microbial fermentative process in the gut are mainly absorbed and used by the host. Most of them are beneficial for health effects but some could also have deleterious effects. The gut microbiota should thus be considered in its environment including dietary food and the host. The interactions between food, intestinal microbiota and the host are fundamental to maintain homeostasis of the ecosystem. Any disruption of this equilibrium could modify the functionality of the gut microbiota and leads to pathological situation.