Il trattamento chirurgico dell'embolia polmonare massiva trova oggi rara indicazione, sostituito di fatto dal trattamento fibrinolitico. Le indicazioni attuali riguardano le embolie polmonari massive con compromissione emodinamica o arresto cardiocircolatorio, dopo fallimento della terapia fibrinolitica o nel caso in cui questa sia controindicata. La tecnica chirurgica standard è l'embolectomia polmonare dal tronco dell'arteria polmonare in circolazione extracorporea (CEC) di supporto normotermica. Tuttavia, nel caso in cui sia necessaria l'embolectomia chirurgica, ma non sia disponibile una sala operatoria di cardiochirurgia o sia controindicata una terapia sistemica con eparina, le prime tecniche chirurgiche che non prevedono la CEC riacquistano un certo interesse.