Le séquençage des génomes représente un exploit extraordinaire qui va donner un nouveau visage à la biologie et à la médecine. Mais la protéomique, qui est l'étude du complément protéique complet exprimé par un génome dans une cellule ou un tissu, tient une position clé dans la biologie moderne ; elle a récemment émergé de plusieurs décades de travaux sur la représentation détaillée des protéines en gels bidimensionnels, travaux remis au goût du jour grâce au développement de la spectrométrie de masse et l'enrichissement des banques de données. Ces outils permettent des études différentielles et nous pouvons maintenant assurer que la protéomique à atteint sa maturité étant donné que les protéines peuvent être caractérisées fonctionnellement, même si les méthodes de quantification restent difficiles. De nombreuses applications sont disponibles aussi bien en biologie fondamentale qu'en médecine pour la recherche de nouveaux médicaments, le diagnostic et le pronostic des maladies humaines. Cette revue va tenter de définir la protéomique avec ces différentes approches techniques, en particulier l'électrophorèse bidimensionnelle (2-DE), la spectrométrie de masse appliquée au peptide mass fingerprinting et à la détermination de séquences, aussi des approches alternatives sans spectrométrie de masse ou même sans 2-DE. Nous nous attacherons principalement aux applications en biologie clinique puisque des résultats intéressants à la recherche de nouveaux marqueurs ont déjà été publiés.

The sequencing of genomes is a monumental achievement that will radically reshape biology and medicine. But proteomics, which is the study of the entire protein complement expressed by a genome in a cell or a tissue, holds a key position in the new biology; it recently emerged from the long decades-work on comprehensive protein visualization on two-dimensional gels which was revitalized by developments in mass spectrometry and the growth in sequence databases. These tools allow differential expression studies and we can now assume that proteomics comes of age because proteins are characterized functionally, even though quantification continues to be a difficult area. Many applications are available as well as in fundamental biology as in medicine applied to drug discovery, diagnosis and prognosis of human diseases. This review will tend to define proteomics with different technical approaches and tools, in particular two-dimensional electrophoresis (2-DE), mass spectrometry applied to peptide mass fingerprinting and sequence determination, also alternative approaches without mass spectrometry or even without 2-DE. We will have peculiar interest in applications to clinical biology since noteworthy results on the search for new makers were published.