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A genomic view of mRNA turnover in yeast - 03/08/11

Doi : 10.1016/j.crvi.2011.05.013 
José E. Pérez-Ortín a, , Antonio Jordán-Pla a, Vicent Pelechano b
a Departamento de Bioquímica y Biología Molecular, Facultad de Ciencias Biológicas, Universitat de València, Dr. Moliner 50, 46100 Burjassot, Spain 
b European Molecular Biology Laboratory, Meyerhofstrasse 1, Heidelberg, Germany 

Corresponding author.

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Abstract

The steady-state mRNA level is the result of two opposing processes: transcription and degradation; both of which can provide important points to regulate gene expression. In the model organism yeast Saccharomyces cerevisiae, it is now possible to determine, at the genomic level, the transcription and degradation rates, as well as the mRNA amount, using DNA chip or parallel sequencing technologies. In this way, the contribution of both rates to individual and global gene expressions can be analysed. Here we review the techniques used for the genomic evaluation of the transcription and degradation rates developed for this yeast, and we discuss the integration of the data obtained to fully analyse the expression strategies used by yeast and other eukaryotic cells.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Résumé

Le taux de l’ARNm est maintenu à l’équilibre grâce à deux processus antagonistes : la transcription et la dégradation. Ces deux mécanismes sont cruciaux pour réguler l’expression des gènes. Dans l’organisme modèle Saccharomyces cerevisiae, il est maintenant possible de déterminer, au niveau génomique, les taux respectifs de transcription et de dégradation, ainsi que la quantité d’ARNm présente, en utilisant les puces à ADN ou le séquençage en parallèle. De cette manière, il est possible de connaître la contribution de chacun de ces processus en analysant le niveau d’expression des gènes individuellement et globalement. Nous présentons et comparons dans cet article les techniques utilisées pour évaluer les taux respectifs de transcription et de dégradation des transcrits de cette levure. Nous discutons la possibilité de l’utilisation des données obtenues pour analyser en profondeur les stratégies d’expression employées par la levure ainsi que par d’autres cellules eucaryotes.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Run-on, Gene expression kinetics, Transcription rate, mRNA stability, ChIP-chip

Mots clés : Run-on, Cinétique de l’expression génique,, Taux de transcription, Stabilité des ARNm, ChIP-chip


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Vol 334 - N° 8-9

P. 647-654 - août 2011 Retour au numéro
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  • Tandem gene arrays, plastic chromosomal organizations
  • Laurence Despons, Zlatyo Uzunov, Véronique Leh Louis
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  • The evolution of gene expression regulatory networks in yeasts
  • Gaëlle Lelandais, Christel Goudot, Frédéric Devaux

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