Gene regulation is a major source of phenotypic diversity between and within species. This aspect of evolution has long been addressed from the sole point of view of the genome sequence. The incredible development of transcriptomics approaches now allows one to actually study the topology and the properties of regulatory networks on an evolutionary perspective. This new discipline is called comparative functional genomics or comparative transcriptomics. This article reviews some of the main advances made in this field, using yeast species, and especially the species sequenced in the frame of the Genolevures program, as a model.

La régulation de l’expression des gènes est une source importante de variabilité phénotypique entre les espèces. Cette question a longtemps été étudiée en s’appuyant sur l’étude des séquences génomiques. Le développement rapide de la transcriptomique permet aujourd’hui d’analyser directement le fonctionnement des génomes dans une perspective évolutive. Cette nouvelle discipline est appelée génomique fonctionnelle comparative. Cette revue décrit les principales avancées effectuées dans ce domaine en utilisant les levures, et notamment les espèces dont les génomes ont été séquencés dans le cadre du programme Génolevures, comme groupe phylogénétique modèle.