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Identification and annotation of noncoding RNAs in Saccharomycotina - 03/08/11

Doi : 10.1016/j.crvi.2011.05.016 
José Almeida Cruz , Eric Westhof
Architecture et réactivité de l’ARN, institut de biologie moléculaire et cellulaire du CNRS, université de Strasbourg, 15, rue René-Descartes, 67084 Strasbourg cedex, France 

Corresponding author.

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Abstract

The importance of ncRNAs in biological processes makes their annotation an essential component of any genome-sequencing project. The identification of ncRNAs in genomes requires specific expertise and tools that are distinct from the traditional protein gene annotation tools. Here, we describe the assembly of two automatic annotation pipelines, integrating publicly available tools, for homology and de novo ncRNA search in genomes. We applied both pipelines to 10 Saccharomycotina genomes and were able to find and annotate 693 ncRNA genes, corresponding to 81% of the ncRNAs expected for those genomes assuming the number of ncRNAs in Saccharomyces cerevisiae (86) as a reference. Several new ncRNAs, not yet known in the Saccharomycotina clade, were also detected. The results show the feasibility of automatic search for ncRNAs in full genomes and the utility of such approaches in large multi-genome sequencing and annotation projects.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Noncoding RNAs, Genome sequencing, Saccharomycotina


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Vol 334 - N° 8-9

P. 671-678 - août 2011 Retour au numéro
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