S'abonner

A simple framework to describe the regulation of gene expression in prokaryotes - 01/01/05

Doi : 10.1016/j.crvi.2005.01.009 
Filipa Alves, Rui Dilão
Non-Linear Dynamics Group, Instituto Superior Técnico, Department of Physics, Av. Rovisco Pais, 1049-001 Lisboa, Portugal 

*Corresponding author.

Bienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
L’accès au texte intégral de cet article nécessite un abonnement.

pages 16
Iconographies 12
Vidéos 0
Autres 0

Abstract

Based on the bimolecular mass action law and the derived mass conservation laws, we propose a mathematical framework in order to describe the regulation of gene expression in prokaryotes. It is shown that the derived models have all the qualitative properties of the activation and inhibition regulatory mechanisms observed in experiments. The basic construction considers genes as templates for protein production, where regulation processes result from activators or repressors connecting to DNA binding sites. All the parameters in the models have a straightforward biological meaning. After describing the general properties of the basic mechanisms of positive and negative gene regulation, we apply this framework to the self-regulation of the trp operon and to the genetic switch involved in the regulation of the lac operon. One of the consequences of this approach is the existence of conserved quantities depending on the initial conditions that tune bifurcations of fixed points. This leads naturally to a simple explanation of threshold effects as observed in some experiments. To cite this article: F. Alves, R. Dilão, C. R. Biologies 328 (2005).

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Résumé

En partant de la loi d'action de masse bimoléculaire et des lois dérivées de conservation de masse, nous proposons un cadre mathématique permettant de décrire la régulation de l'expression génique chez les procaryotes. On montre que les modèles dérivés possèdent tous les propriétés qualitatives des mécanismes régulatoires d'activation et d'inhibition observés expérimentalement. La construction basique considère les gènes comme des modèles types pour la production de protéines, pour lesquels les processus de régulation résultent d'activateurs or de répresseurs connectant les sites de liaison de l'ADN. Tous les paramètres de ces modèles ont une signification biologique manifeste. Après avoir décrit les propriétés générales des mécanismes basiques de la régulation positive et négative des gènes, nous appliquons ce cadre à l'autorégulation de l'opéron trp et à la mutation génétique impliquée dans la régulation de l'opéron lac. Une des conséquences de cette approche est l'existence de quantités conservées dépendant des conditions initiales qui commandent les bifurcations de points fixes. Ceci conduit naturellement à une explication des effets de seuil observés dans quelques expériences. Pour citer cet article : F. Alves, R. Dilão, C. R. Biologies 328 (2005).

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Genetic regulatory networks, Mathematical modelling of genetic regulatory networks, trp operon, lac operon

Mots-clés : Réseaux de régulation, Modélisation mathématique de réseaux de régulation génétique, Opéron trp, Opéron lac


Plan


© 2005  Académie des sciences. Publié par Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.
Ajouter à ma bibliothèque Retirer de ma bibliothèque Imprimer
Export

    Export citations

  • Fichier

  • Contenu

Vol 328 - N° 5

P. 429-444 - mai 2005 Retour au numéro
Article précédent Article précédent
  • Type-III effectors: Sophisticated bacterial virulence factors
  • Akio Abe, Takeshi Matsuzawa, Asaomi Kuwae
| Article suivant Article suivant
  • Construction of non-symmetric substitution matrices derived from proteomes with biased amino acid distributions
  • Olivier Bastien, Sylvaine Roy, Éric Maréchal

Bienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
L’accès au texte intégral de cet article nécessite un abonnement.

Bienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
L’achat d’article à l’unité est indisponible à l’heure actuelle.

Déjà abonné à cette revue ?

Mon compte


Plateformes Elsevier Masson

Déclaration CNIL

EM-CONSULTE.COM est déclaré à la CNIL, déclaration n° 1286925.

En application de la loi nº78-17 du 6 janvier 1978 relative à l'informatique, aux fichiers et aux libertés, vous disposez des droits d'opposition (art.26 de la loi), d'accès (art.34 à 38 de la loi), et de rectification (art.36 de la loi) des données vous concernant. Ainsi, vous pouvez exiger que soient rectifiées, complétées, clarifiées, mises à jour ou effacées les informations vous concernant qui sont inexactes, incomplètes, équivoques, périmées ou dont la collecte ou l'utilisation ou la conservation est interdite.
Les informations personnelles concernant les visiteurs de notre site, y compris leur identité, sont confidentielles.
Le responsable du site s'engage sur l'honneur à respecter les conditions légales de confidentialité applicables en France et à ne pas divulguer ces informations à des tiers.


Tout le contenu de ce site: Copyright © 2024 Elsevier, ses concédants de licence et ses contributeurs. Tout les droits sont réservés, y compris ceux relatifs à l'exploration de textes et de données, a la formation en IA et aux technologies similaires. Pour tout contenu en libre accès, les conditions de licence Creative Commons s'appliquent.