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Estimation of the PCR efficiency based on a size-dependent modelling of the amplification process - 01/01/05

Doi : 10.1016/j.crma.2005.09.029 
Nadia Lalam a , Christine Jacob b , Peter Jagers c
a EURANDOM, P.O. Box 513, 5600 MB Eindhoven, The Netherlands 
b Unity of Applied Mathematics and Informatics, INRA, 78352 Jouy-en-Josas cedex, France 
c Chalmers University of Technology, 412 96 Göteborg, Sweden 

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Abstract

We propose a stochastic modelling of the PCR amplification process by a size-dependent branching process starting as a supercritical Bienaymé-Galton-Watson transient phase and then having a saturation near-critical size-dependent phase. This model based on the concept of saturation allows one to estimate the probability of replication of a DNA molecule at each cycle of a single PCR trajectory with a very good accuracy. To cite this article: N. Lalam et al., C. R. Acad. Sci. Paris, Ser. I 341 (2005).

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Résumé

Nous proposons une modélisation stochastique du processus dʼamplification par PCR sʼappuyant sur un processus de branchement taille-dépendant qui débute par une phase transitoire de type Bienaymé-Galton-Watson supercritique et qui présente ensuite une phase de saturation taille-dépendante presque-critique. Cette modélisation basée sur le concept de saturation permet dʼestimer la probabilité de réplication dʼune molécule dʼADN à chaque cycle dʼamplification à partir de lʼobservation dʼune unique trajectoire dʼamplification par PCR avec une très bonne précision. Pour citer cet article : N. Lalam et al., C. R. Acad. Sci. Paris, Ser. I 341 (2005).

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Vol 341 - N° 10

P. 631-634 - novembre 2005 Retour au numéro
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