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Protein variety and functional diversity: Swiss-Prot annotation in its biological context - 01/01/05

Doi : 10.1016/j.crvi.2005.06.001 
Brigitte Boeckmann a, , Marie-Claude Blatter a, Livia Famiglietti a, Ursula Hinz a, Lydie Lane a, Bernd Roechert a, Amos Bairoch a, b
a Swiss Institute of Bioinformatics, Centre médical universitaire, 1, rue Michel-Servet, 1211 Genève 4, Switzerland 
b Department of Structural Biology and Bioinformatics, Centre médical universitaire, 1, rue Michel-Servet, 1211 Genève 4, Switzerland 

Corresponding author.

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Abstract

We all know that the dogma one gene, one protein' is obsolete. A functional protein and, likewise, a proteinʼs ultimate function depend not only on the underlying genetic information but also on the ongoing conditions of the cellular system. Frequently the transcript, like the polypeptide, is processed in multiple ways, but only one or a few out of a multitude of possible variants are produced at a time. An overview on processes that can lead to sequence variety and structural diversity in eukaryotes is given. The UniProtKB/Swiss-Prot protein knowledgebase provides a wealth of information regarding protein variety, function and associated disorders. Examples for such annotation are shown and further ones are available at examples_CRB. To cite this article: B. Boeckmann et al., C. R. Biologies 328 (2005).

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Résumé

Il est maintenant évident pour tout le monde que le dogme « un gène, une protéine » est obsolète. Au cours de la synthèse dʼune protéine fonctionnelle, le transcrit et la chaîne polypeptidique peuvent être modifiés de multiples façons. Ces modifications ont une incidence directe sur la fonction biologique de la protéine et dépendent non seulement de lʼinformation génétique, mais également des conditions dans lesquelles se trouve la cellule : un nombre limité dʼisoformes protéiques est produit dans une cellule donnée, à un moment précis. Cet article dresse un bref inventaire des processus biologiques impliqués dans la formation de protéines différentes à partir dʼun même gène chez les eucaryotes, ainsi quʼune description des diversités structurelle et fonctionnelle qui en découlent. La banque de connaissances sur les protéines UniProtKB/Swiss-Prot est particulièrement riche en informations décrivant lʼorigine des différences entre les séquences de protéines dérivées dʼun même gène, les modifications post-traductionnelles, ainsi que les conséquences de cette variabilité sur leur(s) fonction(s) et, le cas échéant, les maladies associées. De nombreux exemples dʼannotation sont décrits et dʼautres sont disponibles sur le site examples_CRB. Pour citer cet article : B. Boeckmann et al., C. R. Biologies 328 (2005).

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Protein database, Annotation, Protein synthesis, Sequence variety, Post-translational modification, Protein-protein interaction, Disease

Mots-clés : Banque de données sur les protéines, Annotation, Synthèse protéique, Diversité des séquences, Modifications post-traductionnelles, Interaction protéine-protéine, Maladie


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Vol 328 - N° 10-11

P. 882-899 - octobre-novembre 2005 Retour au numéro
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