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Investigation by fluorescence correlation spectroscopy of the chaperoning interactions of HIV-1 nucleocapsid protein with the viral DNA initiation sequences - 01/01/05

Doi : 10.1016/j.crvi.2005.06.005 
Caroline Égelé, Emmanuel Schaub, Étienne Piémont, Hugues de Rocquigny, Yves Mély
Laboratoire de pharmacologie et physico-chimie des interactions cellulaires et moléculaires, UMR 7034, CNRS, faculté de pharmacie, université Louis-Pasteur, Strasbourg-1, 74, route du Rhin, 67401 Illkirch cedex, France 

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Presented in the framework of the European workshop on Fluorescence Correlation - Spectroscopy Techniques Applications in Biology, Medicine and Pharmacology, Faculty of Medicine of Paris-Sud, Le Kremlin-Bicêtre, France, 24 & 25 March 2005

Abstract

HIV-1 nucleocapsid protein (NC) exhibits nucleic acid chaperone properties that are important during reverse transcription. Herein, we review and extend our recent investigation by fluorescence correlation spectroscopy (FCS) of the NC chaperone activity on the primer binding site sequences (PBS) of the   and   DNA strands, which are involved in the second strand transfer during reverse transcription. In the absence of NC, the PBS stem-loops exhibited a fraying limited to the terminal G-C base pair. The kinetics of fraying were significantly activated by NC, a feature that may favour  PBS/ PBS annealing during the second strand transfer. In addition, NC was found to promote the formation of PBS kissing homodimers through interaction between the loops. These kissing complexes may favour secondary contacts between viral sequences and thus, promote recombination and viral diversity. To cite this article: C. Égelé et al., C. R. Biologies 328 (2005).

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Résumé

La protéine de la nucléocapside (NC) de VIH-1 présente des propriétés chaperonnes vis-à-vis des acides nucléiques, qui sont importantes lors de la transcription inverse. Cette étude porte sur lʼanalyse par spectroscopie à corrélation de fluorescence de lʼactivité chaperonne de NC vis-à-vis des séquences  PBS ADN et  PBS ADN impliquées dans le second saut de brin de la transcription inverse. En absence de NC, les tiges boucles PBS présentent une ouverture transitoire limitée à la paire de bases, G-C, terminale. Les cinétiques de cette ouverture transitoire sont activées par NC, ce qui est de nature à stimuler lʼhybridation  PBS/ PBS lors du second saut de brin. En outre, NC induit également la formation de complexes boucle/boucle homologues  PBS/ PBS et  PBS/ PBS. Ces complexes peuvent favoriser les contacts secondaires entre les séquences virales et donc la recombinaison et la diversité virale. Pour citer cet article : C. Égelé et al., C. R. Biologies 328 (2005).

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Kissing complexes, Stem-loop, Fraying, Time-resolved fluorescence, Fluorescence correlation spectroscopy

Mots-clés : Complexes boucle/boucle, Tige-boucle, Fraying, Spectroscopie de fluorescence résolue en temps, Spectroscopie à corrélation de fluorescence


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Vol 328 - N° 12

P. 1041-1051 - décembre 2005 Retour au numéro
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  • Monitoring the interaction between DNA and a transcription factor (MEF2A) using fluorescence correlation spectroscopy
  • Guillaume Octobre, Claudie Lemercier, Saadi Khochbin, Michel Robert-Nicoud, Catherine Souchier
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  • Disassembly of structurally modified viral nanoparticles: characterization by fluorescence correlation spectroscopy
  • Jouni Toivola, Leona Gilbert, Patrik Michel, Daniel White, Matti Vuento, Christian Oker-Blom

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