Le terme de diarrhée infectieuse recouvre des pathologies dues à des agents pathogènes d'une grande diversité. Les virus représentent plus de la moitié des étiologies et parmi eux, les rotavirus et les calicivirus sont responsables de près de 60 % des gastroentérites virales. Les rotavirus sont à l'origine de plus de la moitié des gastro-entérites sévères. Les calicivirus, et plus spécifiquement les norovirus sont des agents majeurs de gastro-entérites communautaires de sévérité modérée et d'épidémies d'origine hydriques ou alimentaires. Les astrovirus et les adénovirus restent minoritaires, en dehors d'une immunodépression sous-jacente. Les co-infections par plusieurs virus sont fréquentes (5 à 15 % des cas). Les caractéristiques épidémiologiques de ces virus sont très différentes et, à ce jour, la surveillance épidémiologique mise en place après les premiers essais de vaccination contre les rotavirus n'a pas montré d'augmentation des infections à calicivirus ou à adénovirus. Les améliorations diagnostiques apportées par les techniques de typage moléculaire ont montré la très grande diversité génétique au sein des différents genres viraux, et la possibilité de recombinaison ou d'échange génétiques entre souches circulantes et entre souches humaines et animales, avec émergence de souches nouvelles ou « variants » capable de se propager dans des populations géographiquement éloignées. Cette dynamique doit faire l'objet d'une surveillance continue, dans le cadre de la mise en place des nouveaux vaccins rotavirus.

Acute infectious diarrhoea can be linked to various pathogens among which viruses are responsible for more than a half cases. Rotaviruses and caliciviruses are the most frequently encountered, in close to 60 % of viral gastroenterititis. Rotaviruses account for more than 50 % of severe diseases and caliciviruses, especially norovirus are reponsible for less severe sporadic gastroenteritis and water-or food- borne epidemics. Astroviruses and adenoviruses are minority, excepted for immunocompromised patients. Viral or Bacterial and viral co- infections are frequent (up to 15 %). To date, the first rotavirus vaccine assays did not reveal any shift from a viral genus to another, such as calicivirus or adenovirns, according to the fact that epidemiologic features of these viruses are quite different. Progress in viral diagnosis and genotyping enabled to analyse viral diversity and to follow viral recombination events, and emergence of new variants that could propagate among various countries. This dynamic evolution that concerns not only Europe but also developing countries should be carefully surveyed at the era of rotavirus vaccination.