Staging disease with Protégé 4: Example of multiple myeloma - 01/12/11
Stadification des maladies avec Protégé 4: exemple du myelome multiple
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Abstract |
The goal of this study is to add the missing classes and quantitative data properties to the NCI Thesaurus to obtain an applicative ontology that will permit automatic classification. Multiple myeloma is a malignant disorder characterized by the proliferation of a single clone of plasma cells derived from B cells in the bone marrow. We have extracted the multiple myeloma sub-ontology from the NCI Thesaurus. Using Protégé 4, OWL 2.0 and according to last outcomes, new concepts for diagnosis and staging of multiple myeloma have been added to the ontology. A formal description of multiple myeloma variants and stages has been given. The obtained ontology has been checked by a reasoner (FaCT++) and tested on 20 real medical reports.
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L’objectif de ce travail est d’ajouter les classes et les définitions quantitatives manquantes au NCI Thésaurus pour transformer les définitions littérales en définition formelles. Ce travail est volontairement limité à la maladie plasmocytaire. La maladie plasmocytaire est caractérisée par la prolifération, au sein de la moelle osseuse, d’un seul clone de plasmocyte de type B. Nous avons extrait la partie concernant la maladie plasmocytaire du NCI Thésaurus. En utilisant Protégé 4, OWL 2.0 et en se référant aux données de la littérature, de nouveaux concepts pour le diagnostic et la stadification de la maladie plasmocytaire ont été ajoutés à l’ontologie. Une description formelle de la maladie plasmocytaire est alors obtenue incluant les variantes et les stades. L’ontologie a été vérifiée à l’aide d’un raisonneur (FaCT++) et testée sur 20 dossiers patients réels.
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Vol 32 - N° 6
P. 329-331 - décembre 2011 Retour au numéro
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