Considering that recombinations produce quasispecies in lentivirus spreading, we identified and localized highly conserved sequences that may play an important role in viral ontology. Comparison of entire genomes, including 237 human, simian and non-primate mammal lentiviruses and 103 negative control viruses, led to identify 28 Conserved Lentiviral Sequences (CLSs). They were located mainly in the structural genes forming hot spots particularly in the gag and pol genes and to a lesser extent in LTRs and regulatory genes. The CLS pattern was the same throughout the different HIV-1 subtypes, except for some HIV-1-O strains. Only CLS 3 and 4 were detected in both negative control HTLV-1 oncornaviruses and D-particle-forming simian viruses, which are not immunodeficiency inducers and display a genetic stability. CLSs divided the virus genomes into domains allowing us to distinguish sequence families leading to the notion of species self' besides that of lentiviral self'. Most of acutely localized CLSs in HIV-1s (82%) corresponded to wide recombination segments being currently reported. To cite this article: M.L.J. Moncany et al., C. R. Biologies 329 (2006).

La propagation des lentivirus utilisant des recombinaisons qui produisent des quasi-espèces (quasispecies), nous avons identifié et localisé des séquences grandement conservées qui peuvent jouer un rôle capital dans lʼontologie virale. La comparaison de 237 génomes complets de lentivirus humains, simiens et de mammifères non primates, ainsi que de 103 virus servant de contrôles négatifs, nous a permis dʼidentifier 28 Conserved Lentiviral Sequences (CLS). Elles sont surtout positionnées dans les gènes de structure en formant des zones très actives (hot spots), particulièrement dans les gènes gag et pol et, à moindre degré, dans les LTR et les gènes de régulation. Le profil de détection des CLS est le même pour les différents sous-types de VIH-1, à lʼexception des souches VIH-1-O. Seules les CLS 3 et 4 ont été localisées à la fois dans certains oncornavirus (HTLV-1) et dans les virus simiens produisant des particules D, contrôles négatifs qui nʼinduisent pas dʼimmunodéficience et présentent une stabilité génétique. Les CLS divisent les génomes viraux en domaines, ce qui a permis de distinguer des familles de séquences établissant la notion de « soi dʼespèce » (species self) ainsi que celle de « soi lentiviral » (lentiviral self). La plupart des CLS que nous avons précisément localisées dans les VIH-1 (82%) correspondent aux larges segments de recombinaison déjà publiés. Pour citer cet article : M.L.J. Moncany et al., C. R. Biologies 329 (2006).