Pneumocystis jirovecii est un champignon opportuniste transmissible spécifique de l'homme et responsable, chez les sujets présentant une immunodépression sévère, d'infections graves essentiellement pulmonaires, plus rarement disséminées, dont l'évolution spontanée est fatale. La pneumonie à Pneumocystis reste, dans les pays développés, la plus fréquente des infections opportunistes, classant les patients infectés par le virus de l'immunodéficience humaine au stade de syndrome d'immunodéficience acquise. Elle concerne également les patients présentant des déficits immunitaires en rapport avec des traitements cytostatiques et immunomodulateurs. Des formes d'infections plus torpides sont possibles chez des patients présentant des maladies bronchiques et pulmonaires chroniques. Pour ces raisons, les infections à P. jirovecii demeurent un problème d'actualité en santé publique. Le lavage bronchoalvéolaire reste le prélèvement essentiel pour le diagnostic des infections à P. jirovecii. L'association de techniques microscopiques, dont l'une doit être panoptique, est indispensable pour la détection du champignon qui doit s'intégrer dans une démarche globale de diagnostic parasitologique et mycologique. L'utilisation de la polymerase chain reaction apporte un gain de sensibilité et permet de détecter de faibles charges fongiques occultées par les techniques microscopiques. La détection des β-1,3-D-glucanes sériques est une technique de deuxième intention qui peut contribuer au diagnostic de la pneumonie à Pneumocystis chez les patients qui, par ailleurs, ne présentent pas d'autre infection fongique invasive.