Les graines de soja contiennent de nombreux facteurs antinutritionnels dont la plupart sont thermolabiles. Mûres, elles ne sont pas consommables crues. Parmi les facteurs antinutritionnels thermolabiles, les inhibiteurs trypsiques, les lipoxygénases et les lectines sont les facteurs les plus importants réduisant la qualité nutritionnelle. La composition des graines de soja en inhibiteurs trypsiques varie en fonction des différentes variétés de graines. L'inhibiteur trypsique, l'uréase, la lipoxygénase et les lectines sont utilisés comme indices d'un traitement adéquat des produits à base de soja. L'inhibiteur trypsique est responsable de 30 à 50 % de l'effet inhibiteur de croissance et de presque toute l'hypertrophie du pancréas des animaux nourris avec des tourteaux de soja cru.

Les lipoxygénases sont des facteurs importants dans la formation de composés de la flaveur secondaire par hydroperoxydation des acides gras et par interaction avec les protéines dans les farines, les concentrats et les isolats. Les hydroperoxydases affectent aussi la couleur et la valeur nutritionnelle par une diminution des acides gras essentiels et de certaines vitamines. Les lectines sont des protéines agglutinant les érythrocytes des animaux supérieurs. La lectine de soja peut inhiber la croissance et induire des changements considérables dans la physiologie du pancréas et de l'intestin grêle. L'uréase semble ne pas avoir d'effet physiologique chez l'homme mais peut entraîner des effets toxiques chez les animaux nourris avec du soja cru. Les lipoxygénases sont les facteurs antinutritionnels les plus thermolabiles suivies de l'uréase et des inhibiteurs trypsiques. L'inactivation de la lectine par un traitement thermique humide ressemble beaucoup à celle de l'inhibiteur trypsique.

Bien qu'un traitement thermique du soja soit nécessaire, un chauffage excessif provoque une perte de valeur nutritionnelle en diminuant le coefficient d'efficacité protéique (CEP). Il affecte également les caractéristiques fonctionnelles du soja. Le traitement thermique n'a pas besoin d'être basé sur une inactivation totale des composés antinutritionnels ; il doit l'être sur l'inactivation du facteur le plus thermo-résistant considéré comme « le facteur limitant » du procédé tout en maximisant la rétention de nutriments.

Un compromis entre l'inactivation des facteurs antinutritionnels et la conservation de la qualité nutritionnelle et des propriétés fonctionnelles des produits est toujours le plus important et des plus difficiles à obtenir.

Soybean seeds contain a number of antinutritional factors of which the major part are heat-labile. Raw ripe seeds can not be consumed by human and animals. Among the heat-labile antinutritional factors trypsin inhibitors, lipoxygenases and lectins are the most important factors influencing nutritional quality. The content of these factors varies with the variety of seeds. Trypsin inhibitor, urease, lipoxygenase and lectins are used as indices of adequate processing for edible soy products. Trypsin inhibitors account for 30-50 % of the growth inhibitory effect and nearly all the pancreatic hypertrophy of animals fed raw soybean meal. Lipoxygenases are important factors resulting in off-odors and off-flavors by hydroperoxidation of fatty acids and by interaction with proteins in the flours, the concentrates and the isolates of soybean. Hydroperoxides formed by lipoxygenase also affect color and the nutritive value by decreasing essential fatty acids and certain vitamins. Lectins are proteins with the property of agglutinating the erythrocytes of high animals. Dietary soybean lectins can inhibit growth and induce considerable changes in the physiology of the pancreas and small intestine. Urease seems to serve no pratical physiological function in humans. Lipoxygenases are the most heat-labile, followed by urease and then trypsin inhibitor. Lectins inactivation by moisture heat treatment closely parallels the destruction of trypsin inhibitors.

Although thermal treatment of soybean is necessary, overheating will cause a loss in nutritional quality by reducing the protein efficiency ratio (PER) ; it adversely affects also the functionality of soy protein in food manufacture. Heat processing of soybean needs not be based on total, deleterious components inactivation ; thermal process should be based on inactivation of the most heat-resistant factors referred to the limiting factors of process.