Depuis l'individualisation de la maladie cœliaque dans les années 1950, son diagnostic et sa prise en charge ont évolué. Ils se fondent à présent sur des consensus et des recommandations au niveau européen érigés notamment par la Société européenne de gastroentérologie, hépatologie et nutrition pédiatriques (ESPGHAN). À ce jour, le régime sans gluten constitue toujours le seul traitement efficace de la maladie cœliaque. Ce régime exclut de l'alimentation les protéines « toxiques » pour le patient cœliaque : prolamines du blé (gliadine, fraction du gluten), de l'orge, et du seigle. Le régime sans gluten exclut donc de l'alimentation avant tout les produits à base de farine de blé : pain, pâtes, gâteaux, viennoiseries et tous les produits alimentaires industriels dans lesquels le gluten est ajouté à titre d'agent texturant. Il en est de même pour les produits à base de farine d'orge ou de seigle. La liste des produits garantis sans gluten est mise à jour régulièrement par l'Association française des intolérants au gluten (AFDIAG). Le régime sans gluten entraîne la guérison clinique en quelques semaines, la reprise de la croissance staturopondérale en quelques mois, et la normalisation de l'architecture de la muqueuse intestinale en un à deux ans. Il doit être strictement suivi pour être efficace ; de petits écarts quotidiens sont plus nocifs qu'un écart majeur quelques fois par an. L'observance du régime est efficacement suivie par le dosage (habituellement fait une fois par an) des anticorps antitransglutaminase. Le régime sans gluten est prescrit d'abord à titre thérapeutique chez un enfant malade ; après quelques années de régime, quand l'enfant ou l'adolescent est asymptomatique, il l'est à titre préventif, pour éviter une rechute clinique et/ou simplement histologique.