La surexploitation des ressources naturelles, consécutive à un besoin accru en terres arables des populations locales, entraîne de graves dysfonctionnements dans le bio-fonctionnement du sol (carences minérales, stress salins, etc.). Ce dysfonctionnement, aggravé par les aléas climatiques (sécheresse), nécessite la mise en œuvre de stratégies d’ingénierie écologique permettant une réhabilitation des milieux dégradés via la restauration de services écologiques essentiels. Les premiers symptômes du processus d’altération de la qualité des sols des milieux tropicaux et méditerranéens se traduisent par une altération de la structure de la strate épigée avec, en particulier, une paupérisation de la diversité et de l’abondance des espèces végétales. Cette dégradation est accompagnée par une fragilisation des sols et une augmentation de l’impact de l’érosion sur la couche superficielle, entraînant une baisse de la fertilité des sols au niveau de leurs caractéristiques physico-chimiques, mais aussi biologiques (par exemple, la microflore tellurique). Parmi les composantes microbiennes particulièrement sensibles à ces phénomènes d’érosion, les microorganismes symbiotiques (rhizobia, champignons mycorhiziens) sont connus pour être des composantes clés dans le fonctionnement des principaux cycles biogéochimiques telluriques (C, N et P). De nombreux travaux ont montré l’importance de la gestion de ces microorganismes symbiotiques dans les stratégies de réhabilitation et de revégétalisation des milieux dégradés, mais également pour améliorer la productivité des agro-systèmes. En particulier, la sélection de symbiotes et leur inoculation en masse dans le sol de plantation ou de culture ont été fortement encouragées au cours de ces dernières décennies. Ces inoculants étaient sélectionnés, non seulement pour leur impact sur la plante, mais également pour leur capacité à persister dans le sol, au détriment de la microflore résiduelle native. La performance de cette technique était donc évaluée au niveau du couvert végétal, mais les répercussions au niveau des caractéristiques de la microflore tellurique étaient généralement ignorées. Le rôle de la diversité microbienne sur la productivité et la stabilité (résistance, capacité de résilience, etc.) des éco- et agro-systèmes a été mis en évidence relativement récemment et a conduit à une remise en cause des bases conceptuelles de l’inoculation contrôlée dans la gestion durable des terres. Il a été notamment suggéré que les caractéristiques du milieu à réhabiliter devaient être prises en compte, et plus particulièrement son niveau de dégradation par rapport au seuil de résilience écologique. Cette prise en compte devrait permettre d’optimiser les pratiques culturales pour soit (i) redonner à l’écosystème ses propriétés originelles dans le cas de milieux peu dégradés ou (ii) transformer un écosystème dans le cas de sols hautement dégradés (par exemple, les sols miniers). Dans ce chapitre, nous évoquerons, à travers différents exemples d’expérimentations réalisées en milieu tropical et méditerranéen, les performances des différentes stratégies de gestion du potentiel microbien des sols (inoculation d’espèces exotiques vs des espèces natives, inoculation contrôlée vs la gestion du potentiel microbien via la strate végétale épigée, etc.) suivant le niveau de dégradation du milieu.

The overexploitation of natural resources, resulting in an increased need for arable lands by local populations, causes a serious dysfunction in the soil's biological functioning (mineral deficiency, salt stress, etc.). This dysfunction, worsened by the climatic conditions (drought), requires the implementation of ecological engineering strategies allowing the rehabilitation of degraded areas through the restoration of essential ecological services. The first symptoms of weathering processes of soil quality in tropical and Mediterranean environments result in an alteration of the plant cover structure with, in particular, the pauperization of plant species diversity and abundance. This degradation is accompanied by a weakening of soils and an increase of the impact of erosion on the surface layer resulting in reduced fertility of soils in terms of their physicochemical characteristics as well as their biological ones (e.g., soil microbes). Among the microbial components particularly sensitive to erosion, symbiotic microorganisms (rhizobia, Frankia, mycorrhizal fungi) are known to be key components in the main terrestrial biogeochemical cycles (C, N and P). Many studies have shown the importance of the management of these symbiotic microorganisms in rehabilitation and revegetation strategies of degraded environments, but also in improving the productivity of agrosystems. In particular, the selection of symbionts and their inoculation into the soil were strongly encouraged in recent decades. These inoculants were selected not only for their impact on the plant, but also for their ability to persist in the soil at the expense of the residual native microflora. The performance of this technique was thus evaluated on the plant cover, but its impact on soil microbial characteristics was totally ignored. The role of microbial diversity on productivity and stability (resistance, resilience, etc.) of eco- and agrosystems has been identified relatively recently and has led to a questioning of the conceptual bases of controlled inoculation in sustainable land management. It has been suggested that the environmental characteristics of the area to rehabilitate should be taken into account, and more particularly its degradation level in relation to the threshold of ecological resilience. This consideration should lead to the optimization of the cultural practices to either (i) restore the original properties of an ecosystem in case of slightly degraded environments or (ii) transform an ecosystem in case of highly degraded soils (e.g., mine soils). In this chapter, we discuss, through various examples of experiments conducted in tropical and Mediterranean areas, the performance of different strategies to manage the microbial potential in soils (inoculation of exotic vs. native species, inoculation or controlled management potential microbial stratum via aboveground vegetation, etc.) based on the level of environmental degradation.