La dynamique de la migration du VIH entre les compartiments reste méconnue. Nous l’avons étudiée par une méthode phylogénétique originale.

Les séquences env partielles de VIH issues de prélèvements longitudinaux appariés sanguins et spermatiques ou du liquide céphalorachidien (LCR) chez respectivement 11 et 4 sujets naïfs de traitement ont été analysées par : (i) reconstruction phylogénétique bayésienne, (ii) évaluation comparative de la compartimentation virale (méthode des distances et phylogénie), et (iii) analyse phylogéographique des événements de migration.

Des échantillons longitudinaux (3–11 temps/sujet) sur une durée de 433 jours (9–2071) étaient disponibles. Les séquences partielles env (484 nt, 333–648 nt), ont été isolées à partir du sang (27–1520/sujet), du plasma séminal (21–85/sujet) et du LCR (11–59/sujet). La charge virale VIH était respectivement de 4,6 log₁₀ copies/ml (2,5–5,4), 3,4 (2,5–4,0) et 3,8 (2,5–5,4) dans le sang, le plasma séminal et le LCR. La compartimentation était maintenue pour 3 des 4 sujets avec prélèvements sanguins et LCR appariés, mais pour aucun des sujets avec prélèvements sanguins et spermatiques appariés. Notre approche bayésienne était corrélée avec le test de compartimentation de Slatkin-Maddison (Spearman R=0,61, p<0,01). Nous avons montré la bidirectionnalité de la migration virale entre les compartiments avec une moyenne respective de 15 (0–34) et 8 évènements de migration à partir de sang vers le liquide séminal et le LCR (0–16), et de 14 (1–43) et 11(1–15) évènements à partir du liquide séminal et du LCR vers le sang. Enfin, des pics asynchrones de migration virale au cours du temps ont été mis en évidence, suggérant une perturbation transitoire de la compartimentation.

Ces résultats suggèrent que le VIH migre de manière bidirectionnelle entre le sang et les autres compartiments qui contribuent activement à la population contemporaine virale sanguine.