Le microbiote intestinal (ou flore intestinale) est un ensemble de bactéries hébergées par l’être humain et vivant en symbiose avec son hôte. Étroitement associé au tractus intestinal et interagissant avec lui, il ne constitue pas un tissu ni un organe, mais un supra-organisme. La perturbation du dialogue entre les bactéries et les cellules humaines est un facteur de risque, voire la cause de différentes maladies. La restauration de ce dialogue par le transfert de microbiote intestinal, d’un sujet sain à un patient dont l’équilibre de la flore intestinale a été rompu, constitue une nouvelle approche thérapeutique. Si son effet exact échappe encore à la compréhension scientifique, son bénéfice clinique est établi pour une indication, et en cours d’essais pour d’autres. La contribution du microbiote intestinal à l’équilibre physiologique humain appelle ainsi des recherches internationales quant à l’état des connaissances et des techniques, ainsi qu’au cadre juridique et éthique des pratiques. Cet article fait le point sur les questions posées par cet acte thérapeutique

The gut microbiota (or gut flora) is a set of bacteria living in symbiosis with the host. Strictly associated with the intestinal tract and interacting with it, the gut microbiota is not a tissue nor an organ, but a supra-organism. A disruption of dialogue between bacteria and human cells is a risk factor or a possible cause of various diseases. The restoration of this dialogue, thanks to the transfer of the gut microbiota of a healthy individual to a patient whose balance of gut flora has been broken, is a new therapeutic approach. If its exact effect still eludes scientific understanding, its clinical benefit is well established for an indication, and is recently being tested for many others. The proven contribution of gut microbiota in the human physiological balance calls for intensifying research throughout the world about the state of knowledge and technologies, as well as on the legal and ethical dimension of fecal microbiota transfer. This didactic paper updates the questions in relation with this therapeutic act.