Le microbiote intestinal représente actuellement un nouvel acteur du métabolisme de l’hôte et son déséquilibre, dit dysbiose, jouerait un rôle major dans les pathologies métaboliques. Parmi les facteurs qui modulent l’équilibre du microbiote intestinal, le régime alimentaire induit les modifications les plus marquées. Bien que la carence alimentaire de certains (micro)nutriments puisse être compensée par un apport exogène, cette intervention ouvre le débat concernant les effets potentiels sur les altérations du microbiote intestinal. Par exemple, la déficience en fer touche des proportions pandémiques et la supplémentation en fer représente la stratégie compensatoire la plus utilisée. Cette supplémentation a été montrée capable d’impacter la taxonomie ainsi que l’activité du microbiote intestinal dans un modèle de rats humanisés, transplantés avec le microbiote issu de fèces humaines. De plus, l’augmentation de la prise orale de fer a été associée avec un stress intestinal et l’altération du microbiote. Cette dernière est caractérisée par une élévation des bactéries type Erysipelotrichi, qui en métabolisant la choline, favoriserait sa déficience, entrainant l’accumulation de triglycérides hépatiques (stéatose). Par contre, aucun effet sur le microbiote intestinal n’a été observé chez des enfants africains supplémentés en fer. Ce résultat souligne la complexité des modulations du microbiote intestinal ainsi que l’impossibilité de généraliser les résultats le concernant et ouvre le développement à la médecine personnalisée.