Le microbiote est l’ensemble des micro-organismes associé à un environnement. Il est le plus souvent étudié par des techniques de métagénomique, mais la culture peut permettre une approche complémentaire. Les urines sont historiquement considérées stériles. Des études récentes ont prouvé l’existence d’un microbiote urinaire en métagénomique et en culture. En pédiatrie, une seule étude a étudié le microbiote urinaire, par des techniques de métagénomique sur des échantillons de premier jet urinaire.

Décrire le microbiote urinaire par des techniques de culture spéciales chez des patients présentant des pathologies rénales et des témoins en pédiatrie.

Nous avons recueilli des échantillons urinaires mictionnels de milieu de jet après désinfection périnéale. Ces échantillons ont été cultivés sur 6 milieux de culture solides et 4 milieux de culture liquides, en condition d’aérobie et d’anaérobie. Les colonies bactériennes ont été identifiées par spectrométrie de masse (MALDI-TOF) puis séquençage de l’ADN codant pour l’ARN 16S si besoin.

Les 12 échantillons recueillis ont permis d’identifier en moyenne 16,1 espèces bactériennes différentes par échantillon soit 98 bactéries différentes au total dont 38 n’ont jamais été identifiées dans des urines humaines. Le métabolisme de ces bactéries était l’anaérobie dans 32,6 % des cas. Le nombre d’espèces isolées était significativement plus important chez les individus de sexe féminin.

Il existe un microbiote urinaire en pédiatrie qui peut être décrit par des techniques de cultures spéciales. La standardisation de ces techniques permettrait une approche complémentaire à la métagénomique pour décrire le microbiote urinaire et comprendre son rôle en physiologie et en pathologie.