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Dermohypodermites bactériennes nécrosantes-fasciites nécrosantes, pathologie plurimicrobienne sous diagnostiquée ? Apport de la métagénomique - 23/11/16

Doi : 10.1016/j.annder.2016.09.159 
C. Rodriguez 1, , A. Jary 1, E. Sbidian 2, M. Desroches 3, E. Sitterlé 4, C. Hua 2, J.-M. Pawlotsky 5, O. Chosidow 2, J.-W. Decousser 3
1 Virologie/U955Eq18, AP–HP/Inserm 
2 Dermatologie 
3 Bacteriologie, CHU Henri-Mondor, AP–HP, Créteil, France 
4 Mycologie, Necker, AP–HP, Paris 
5 Virologie/U955Eq18, CHU Henri-Mondor, AP–HP, Créteil, France 

Auteur correspondant.

Résumé

Introduction

Le caractère polymicrobien prédominant ou non des dermohypodermites bactériennes nécrosantes-fasciites nécrosantes (DHBN-FN) est discuté. La connaissance précise des bactéries responsables est pourtant majeure pour des raisons épidémiologiques mais aussi écologiques et économiques permettant de mieux ajuster la prise en charge, notamment en restreignant après chirurgie le spectre des antibiotiques. Face aux limites des approches par culture, nous avons évalué l’apport des techniques de métagénomique ciblée (MC) et shotgun (MS) par séquençage de nouvelle génération (NGS).

Matériel et méthodes

De 2015 à 2016, 34 patients DHBN-FN ont été pris en charge dans le cadre de la filière de soins « Fasciites » mise en place dans notre structure. Il a été réalisé, parallèlement aux cultures des prélèvements peropératoires, une technique de MC analysant le gène 16S (bactéries) et ITS (champignons) (protocole 16S MiSeq [Illumina], analyse par GreenGenes, PyroMIC) complétée en cas de discordance par une technique de MS couvrant l’ensemble des gènes bactériens et fongiques (kit Nextera XT sur NextSeq 500 [Illumina], analyse par MG-RAST).

Résultats

Le caractère polymicrobien a été trouvé chez 16/34 patients. La comparaison entre la culture et la MC a mis en évidence :

– 14 prélèvements concordants ;

– 6 prélèvements positifs (rares bactéries) en culture et négatifs en MC (4 entérobactéries [N=4], S. epidermidis, S. aureus) ;

– 4 prélèvements positifs en MC et négatifs en culture (S. pyogenes, Plesiomonas sp., S. dysgalactiae, mélange d’anaérobies) ;

– 10 prélèvements avec des bactéries identifiées en supplément par l’une ou l’autre technique.

Les discordances ont été identifiées chez des patients plus âgés (p=0,04) et ayant reçu plus fréquemment une antibiothérapie avant prélèvement (p=0,05). La MS, réalisée pour 10 prélèvements discordants, retrouve l’ensemble des micro-organismes retrouvés par les 2 autres techniques.

Discussion

La moitié des DHBN-FN présente un caractère polymicrobien. La prise au préalable d’antibiotique peut diminuer l’exhaustivité de l’identification réalisée en culture augmentant ainsi les différences observées avec les techniques de métagénomique. En effet, cette dernière identifie plus fréquemment des bactéries difficiles à cultiver. Cependant, la MC semble être moins sensible que la culture lorsqu’il y a peu de bactéries isolées. La MS semble concilier les avantages des 2 approches mais avec une complexité d’interprétation importante.

Conclusion

Les DHBN-FN sont des pathologies fréquemment polymicrobiennes, dont la prise d’antibiotique précoce, peut entraîner un sous diagnostic qualitatif et quantitatif des infections bactériennes. L’utilisation d’une double approche par MC (exhaustivité) et culture (sensibilité) permettrait d’obtenir plus souvent un diagnostic microbiologique améliorant ainsi la prise en charge des patients.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Mots clés : Fasciite nécrosante, Métagénomique, NGS


Plan


 Les illustrations et tableaux liés aux abstracts sont disponibles à l’adresse suivante : http://dx.doi.org/10.1016/j.annder.2016.10.003.


© 2016  Publié par Elsevier Masson SAS.
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Vol 143 - N° 12S

P. S151 - décembre 2016 Retour au numéro
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