Le palivizumab est un anticorps monoclonal humanisé utilisé pour la prévention des infections respiratoires sévères dues au virus respiratoire syncytial (VRS) dans les populations pédiatriques à risque. Il inhibe l’étape de fusion du virus avec la cellule en se liant à la glycoprotéine de surface F. Des VRS résistants au palivizumab ont été mis en évidence in vitro et chez des patients ayant présenté une infection à VRS au cours du traitement par palivizumab. Chez ces virus, seules les mutations situées au niveau du site de liaison de l’anticorps à la protéine F (acides aminés 258 à 276) ont été décrites comme associées à la résistance au palivizumab. Le gène codant pour la glycoprotéine d’attachement G a rarement été séquencé dans ce contexte.

Objectif Le but de cette étude est d’analyser les gènes G et F complets de VRS retrouvés chez des enfants traités par palivizumab, afin d’identifier des mutations susceptibles d’être en lien avec l’échec thérapeutique.

Les VRS sélectionnés provenaient de prélèvements naso-pharyngés réalisés entre octobre 2011 et février 2016, au CHU de Caen, chez des nourrissons ayant présenté une infection à VRS pendant la période d’efficacité du palivizumab. Des VRS témoins, identifiés chez des patients non traités, ont été inclus. L’extraction des acides nucléiques totaux a été réalisée avec le kit Qiagen EZ1 DRP Virus Kit 48^®. Le groupe antigénique, A ou B, a été déterminé par transcription inverse suivie d’une réaction en chaîne par polymérase (RT-PCR) en temps réel. L’amplification et le séquençage des gènes G et F complets ont été réalisés avec le kit Qiagen One Step RT-PCR^®. Les séquences obtenues ont été analysées et comparées avec le logiciel BioEdit 7.1.9^® et l’analyse phylogénique a été réalisée avec le logiciel Mega 6.0^®, en utilisant la méthode du neighbor-joigning.

Parmi les 273 nourrissons traités par palivizumab pendant la période de l’étude, 15 (8,4 %) ont présenté une infection à VRS pendant la période d’efficacité du traitement et 8 (2,9 %) après la période d’efficacité. Douze VRS A et 11 VRS B ont été identifiés par RT-PCR en temps réel. Dix-neuf gènes F et 17 gènes G complets ont été amplifiés et séquencés en totalité. L’analyse phylogénique a montré que les VRS A appartenaient aux génotypes NA3 et ON1 et les VRS B au génotype BA, sous-génotypes BA11 ou BA4/BA9. Il n’y avait pas de différence phylogénique entre les virus identifiés chez les patients traités et les témoins. La comparaison des séquences obtenues avec des souches de référence a mis en évidence plusieurs mutations ponctuelles dans les gènes G et F, mais aucun changement d’acide aminé au niveau du site de liaison du palivizumab.

D’autres études doivent être menées pour préciser le rôle des mutations identifiées et mieux caractériser les mécanismes de résistances du VRS au palivizumab.