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Journal Français d'Ophtalmologie
Vol 22, N° 7  - août 1999
p. 810
Doi : JFO-07-1999-22-7-0181-5512-101019-ART19
Les références bibliographiques rendues faciles avec EndNote® 3.0 pourl'ophtalmologie
 

COMMUNICATION ET INFORMATION

Journal Français d'Ophtalmologie1999; 22: 810
© Masson, Paris, 1999

T. Desmettre(1), , D.-A. Lebuisson(2)

(1)INSERM EA-2689, IFR22, Pavillon Vancostenobel, CHU, 59000 Lille Cedex.
(2)Service d'Ophtalmologie, Hôpital Foch, 40 rue Worth, 92150 Suresnes.


INTRODUCTION

EndNote® est un logiciel de gestion des références destiné à être utilisé avecle logiciel de traitement de texte Word®. EndNote® fonctionne comme une base de donnéeset permet de stocker les informations correspondant à des références de types variéstels que des articles originaux, des chapitres de livres ou des sites web. Ces donnéespeuvent ensuite être liées à un document Word® pour être mises en forme en tant queréférences bibliographiques comportant un appel dans le texte et une référence placéeà la fin du document (fig. 1).

Le but de cette courte revue à propos de la version 3.0 du logiciel est de montrer safacilité d'utilisation et son efficacité pour la gestion des références dans unepublication, qu'il s'agisse d'un mémoire, d'une thèse, ou d'une publication soumise àune revue internationale. Nous allons décrire successivement la présentation généraledu logiciel, la création ou la mise à jour d'une série de références puis l'insertionde ces références dans un document Word®.

PRINCIPALES FONCTIONNALITÉS

Remarques sur l'installation

Après installation d'EndNote® on constate qu'un certain nombre de sous-menus ontété ajoutés dans Word. Ils sont principalement destinés à insérer des référencesou à mettre en forme ces références (fig. 2) .

Présentation générale du logiciel

La présentation générale d'EndNote® est similaire à celle de la plupart deslogiciels fonctionnant dans l'environnement Windows® (fig. 3) . Le logicielne gère cependant pas de menus conceptuels lors du clic droit et les souris comportantune molette (wheel) provoquent parfois l'ouverture inattendue d'une série defenêtres. On retrouve, comme dans Windows®, la possibilité de sélectionner avec lasouris plusieurs références en appuyant simultanément sur la touche« Ctrl » (ou la touche « Shift »).

Pour utiliser les fonctions relatives à l'insertion de références dans un documentil est nécessaire d'ouvrir à la fois Word® et EndNote® tout au long des manipulations.Une connexion à l'Internet permettra en outre de créer ou de mettre à jour la liste desréférences (library) correspondant au document en cours de rédaction.

Enfin, quelques termes de vocabulaire peuvent être définis ici pour faciliterl'utilisation du logiciel : les références sont regroupées en « library »qui désigne donc une liste de référence ; les « styles »désignent les types de mise en forme des références utilisées par les différentesrevues.

Acquérir des informations sur Internet
Par le navigateur Internet

L'utilisation du navigateur (Netscape® ou Internet Explorer®) pour interroger leMedline public (PubMed) a été récemment décrite dans cette rubrique du JournalFrançais d'Ophtalmologie. Pour une utilisation avec EndNote®, il convient desélectionner l'option d'un nombre quasi-illimité de documents par page (5000) (fig. 4) . Après avoirchoisi « MEDLINE Report » cliquer sur « Display ». A la suite decette manipulation, les données correspondant aux références choisies apparaissentcomme indiqué sur la figure 5. Il est alors possible de les enregistrer, soit sous la forme d'un fichier html, soitsous la forme d'un fichier texte (fig. 5) .

Dans EndNote®, c'est ce fichier texte qui sera importé à travers un choix defiltres. La figure 6montre le filtre à sélectionner dans la case « Import options ». Surcette même figure, l'option « discard duplicate » a été sélectionnée,permettant d'éliminer les doublons, notamment lors d'une mise à jour des références.

Par EndNote®

EndNote® permet d'interroger un serveur tel que celui de PubMed pour sélectionner etacquérir des références. Les fonctions sont cependant réduites par rapport à cellesde l'utilisation du Medline à travers le navigateur Internet. La sélection du sous-menu« connect » comme indiqué sur la figure 3 est le point dedépart de cette manipulation. Dans le sous répertoire « Connect » choisir lefiltre de connexion à Pubmed « PubMed (NLM).enz » (fig. 7) . Puis, commeindiqué sur la figure 8,choisir des noms d'auteurs ou des mots clefs. Les références ainsi sélectionnéespeuvent ensuite être copiées dans une « library ».

Entrer « manuellement » les références

Pour les livres ou chapitres de livres, il est souvent nécessaire de saisir au clavierla référence. Comme sur la figure9 , il est important de placer une virgule après le patronyme de l'auteur, unpoint après les initiales pour que le logiciel puisse mettre en forme les références.

Le caractère fastidieux de la saisie est compensé par la possibilité d'utiliser laréférence dans plusieurs « library » et dans plusieurs documentsWord®.

Insérer les références dans un document word

La manière la plus simple consiste à sélectionner une ou des références dans unelibrary EndNote® puis à basculer dans le document Word® en cours de rédaction et deplacer le curseur de la souris au niveau de la zone où l'on désire insérer la ou lesréférences. Ensuite on sélectionne dans le menu « outils » de Word®, lacommande « Insert citation(s) » (fig. 2) . La ou lesréférences sont alors placées entre parenthèses au sein du document Word®. Il s'agitd'une mise en forme transitoire qui permet de relire le document en sachant quelles sontles références qui ont déjà été insérées.

Les styles

EndNote® gère plus de 300 types de mise en forme des références ou« styles » correspondant donc à plus de 300 types de recommandations auxauteurs. Quatre types principaux sont définis

  • « Annotate.ens » qui permet de générer une mise en forme de type auteur-année dans le corps du document et les références suivies des résumés à la fin du document. Ce style peut être également utilisé pour éditer et imprimer la liste des références et des résumés que l'on va étudier avant de sortir les articles.
  • « AuthDate.ens » : ce style auteurs-année est comparable au précédent, mais à la fin du document seules les références sont placées.
  • « Numbered.ens » : ce style place les appels aux références sous la forme de numéros dans le corps du texte. En fin de document, les références sont numérotées par ordre d'apparition dans le texte.
  • « Show_All.ens » : ce style ne place aucun appel aux références dans le texte mais place en fin de document, et dans l'ordre d'apparition dans le texte, la totalité des informations correspondant aux références, y compris le résumé.

Les autres styles correspondent aux recommandations de revues très variées. Cesstyles sont organisés en arborescence comprenant notamment un sous répertoire« medecine », un sous répertoire « science » (fig. 10) . Aucunerevue d'ophtalmologie ne figure dans le sous répertoire « medecine »néanmoins le style « Vancouver » correspond aux recommandations du JournalFrançais d'Ophtalmologie, et comme nous le verrons plus loin, il est possible de« créer des styles ». Des styles correspondant aux principales revuesd'ophtalmologie sont disponibles à l'adresse suivante : http ://WWW.snof.org/endnote/endnote.htm.

Mettre en forme la bibliographie : « Format bibliography »

Lorsque la plupart des références ont été insérées dans le texte, on peut mettreen forme la bibliographie. Il sera toujours possible d'ajouter ou de retirerultérieurement des références, en fonction par exemple de l'avis des reviewers.

La première étape consiste à choisir un répertoire de style dans EndNote®, commeexpliqué plus haut. Lorsque ce répertoire a été sélectionné on revient dans Word®où l'on choisit la commande « Format bibliography » du menu« Outils » (fig. 2).

Il ne reste qu'à vérifier sur la fenêtre suivante le nom du document Word® et àsélectionner le style de mise en forme avant de cliquer sur « Format ».

Les références sont ainsi placées à la fin du document et les appels auxréférences figurent dans le texte.

Créer son style pour une revue qui ne fait pas partie de la liste d'Endnote

Créer son style correspond à modifier ou créer un fichier « .ens ». Cesfichiers sont accessibles par l'explorateur Windows® : il est ainsi possible decopier, renommer un fichier du répertoire « Agriculture », de le modifier etde le placer dans le répertoire médecine, ou dans un répertoire« Ophtalmologie » que l'on aura créé avec l'explorateur Windows®.

Par ailleurs, dans EndNote®, il est possible d'utiliser soit la commande« New » soit la commande « Edit-style sélectionné » dans le menu« style ». Le choix de l'une de ces commandes fait apparaître un nouveau menudans la barre des menus : « Edit Style » (fig. 11) qui permetd'insérer des items définissant un style.

Enfin, l'un des artifices consiste à utiliser les styles de revues apparentées :nous n'avons pas remarqué de différence majeure entre le style de l'American Journalof Cardiology et l'American Journal of Ophthalmology.

La création d'un style n'est pas aussi facile que l'utilisation des autres fonctionsd'EndNote®, néanmoins un peu de pratique permet rapidement de créer quelquesstyles de mise en forme des références qui pourront être utilisés à de nombreusesreprises.

Conclusion

Le principal avantage de l'utilisation d'un logiciel d'indexation des références estde conserver identique une référence qui, une fois saisie, pourra être utilisée dansde nombreux documents. De plus, les libraries peuvent être mises à jour.« Publier plus, citer davantage » pourrait être la maxime des utilisateursd'EndNote, néanmoins, la qualité et la sélection des articles utilisés en tant queréférences dans une publication priment sur leur nombre.

 

(Les tableaux sont exclusivement disponibles en format PDF).

 

(Les tableaux sont exclusivement disponibles en format PDF).

 

 

Figure 1. Schéma général.

Figure 2. Les commandes qui sont ajoutées au menu « Outils » de Word®après l'installation d'EndNote® 3.0

 

Figure 3. La barre des menus d'EndNote. Remarquez dans Fichier la commande« Connect » qui permet d'interroger entre autre le MedLine PubMed. La commande« import » sera utilisée pour reprendre un fichier « MEDLINEReport » et en inclure les informations dans une library EndNote®.

 

Figure 4. La sélection du mode MEDLINE Report correspondant aux publications des5 dernières années d'un auteur de renom. Remarquer la sélection d'un nombre quasiillimité de documents par page.

 

Figure 5. L'enregistrement du fichier Texte (.txt) correspondant au MEDLINE Report.

 

Figure 6. Après la sélection de la commande « Import » du menu« Fichier » dans EndNote®, remarquer la sélection du filtre« Medline_NLM.enf » dans la case « import options ». Le filtre« Medline_NLM.enf » est situé dans une arborescence qui apparaît lorsquel'on sélectionne « Other filters » parmi les choix proposé dans« import options ».

 

Figure 7. Le choix du fichier de connexion « PubMed (NLM).enz » lors dela connection par Internet. Ce filtre permet d'interroger PubMed.

 

Figure 8. Lors de la connexion, le choix des auteurs ou de mots clefs permetd'aquérir les informations correspondant aux références.

 

Figure 9. Lors de la saisie au clavier d'une référence, prendre garde à la miseen forme des noms des auteurs suivis d'une virgule et du prénom suivi d'un point.

 

Figure 10. La sélection d'un style dans les sous répertoires s'effectue dans unearborescence comme lors de l'utilisation de l'Explorateur Windows®.

 

Figure 11. Création d'un nouveau style pour une revue ne figurant pas dans lesstyles d'EndNote® 3.0. Un nouveau menu apparaît dans la barre d'outils, permettantd'insérer des items.

REFERENCE(S)

[1] Hughier M, Maisonneuve H, Benhamou CL, De Calan L, Galmiche JP, Lorette G. La rédaction médicale : de la thèse à l'article original, la communication orale. Paris : Doin ; 1992.

[2] Lebuisson D, Nguyen JJ. Utilisation du medline. J Fr Ophtalmol 1999 ; 22 (1) : 136-140

[3] Nicoll LH, Ouellette TH, Bird DC, Harper J, Kelley J. Bibliography database managers. A comparative review. Comput Nurs 1996 ; 14(1) : 45-56.

[4] Niles Software. EndNote : Bibliographies made easy. Berkeley : Niles Software The Endnote company ; 1998.

[5] Reiss M, Reiss G. Experience with the reference manager EndNote-EndLink. Radiologe 1998 ; 38(9) : 779-82.

[6] Reiss M, Reiss G. Selected aspects of computer-assisted literature management. Wien Med Wochenschr 1998 ; 148(7) : 183-6.


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