Article

PDF
Access to the PDF text
Service d'aide à la décision clinique
Advertising


Free Article !

Journal Français d'Ophtalmologie
Vol 23, N° 8  - octobre 2000
p. 842
Doi : JFO-10-2000-23-8-0181-5512-101019-ART17
Communication et information

Mise à jour à propos de l'utilisation d'EndNote® 4.0 et du Medline PubMed
 
FORMATION MÉDICALE CONTINUE

COMMUNICATION ET INFORMATION

Journal Français d'Ophtalmologie2000; 23: 842-845
© Masson, Paris, 2000

T. Desmettre (1) Sur Internet : http://www.snof.org/endnote/endnote.htmhttp://www.endno te.comhttp://www.ritme.com

(1)UPRES EA 2689-INSERM IFR 22, Pavillon Vancostenobel, CHU Lille, 59037 Lille Cedex. E-mail : desmettre@lille.inserm.fr
(2)En France : Ritme informatique : 34, bd Haussman, 75009 Paris.Tél. 01 42 46 00 42 - Fax 01 42 46 00 33
(3)Aux USA : ISI ResearchSoft , 800 Jones St Berkeley, CA 94710.Tel (510) 559-8592 - Fax (510) 559 8683

Mots clés : Computer Communication Networks. , databases. , Medline. , software.


INTRODUCTION

Depuis mars 2000, la nouvelle page d'accueil de PubMed, le Medline gratuit, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/ remplace définitivement l'ancienne page (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed) figure 1.

Lors de l'utilisation d'un logiciel de gestion de bibliographie tel qu'EndNote®, une étape importante consiste à enregistrer les données recueillies sur le serveur du Medline PubMed sous la forme d'un fichier texte. Ce fichier texte contient les références complètes, les mots clefs, les résumés des articles qui ont été choisis. La présentation des données au sein de ce fichier texte correspond à un format qui pourra ensuite être importé dans le logiciel de gestion de bibliographie.

Ainsi, il est possible d'utiliser dans un premier temps toute la souplesse du navigateur Internet (Netscape® ou Internet Explorer®) et du serveur de PubMed pour sélectionner des références et dans un deuxième temps les importer dans le logiciel de gestion de bibliographie (EndNote®). Ce logiciel de gestion de bibliographie permettra ensuite d'organiser les appels de référence dans un document texte.

La procédure de mise en forme et d'enregistrement du fichier texte avait été précédemment décrite dans le Journal Français d'Ophtalmologie. Néanmoins, avec la nouvelle présentation de la page d'accueil de PubMed, cette procédure de sauvegarde du fichier texte ou « Medline Report » est un peu différente de celle qui était utilisée avec l'adresse précédente. Nous décrivons ici une procédure rapide de sauvegarde de ce « Medline Report » et son importation avec les versions 3 ou 4 du logiciel EndNote®.

EXEMPLE : RECHERCHE SUR UN AUTEUR

La recherche à partir du nom d'un auteur (ici Robert W. Flower) permet d'accéder très facilement aux références et aux articles figure 2.

La première étape consiste à modifier la présentation des données relatives à la recherche qui vient d'être faite. Comme indiqué sur la figure 3, en regard du bouton « Show » on sélectionne « 500 » pour lister un maximum de 500 documents par page. Cette manoeuvre permettra de placer toutes les références sur un seul document. Ensuite, en regard du bouton « Display » on sélectionne « Medline ». Enfin, on clique sur le bouton « Text » ce qui va modifier la présentation des données (arrière plan de lafigure 4.

Lorsque les données sont présentées sous la forme « Text », il ne reste qu'à les enregistrer sur le disque dur. Peu importe l'emplacement de cet enregistrement, il faut avant tout pouvoir retrouver ce fichier texte. Dans notre exemple un répertoire « Bibliographie Flowers » a été créé avec l'Explorateur Windows® et c'est dans ce répertoire que le fichier texte est enregistré.

ENREGISTREMENT DU FICHIER TEXTE

Dans le navigateur (ici Netscape®), on choisit dans « Fichier » la fonction « Enregistrer sous » et comme indiqué sur la figure 4 on propose un nom de fichier dans la fenêtre « Nom : ».

On remarque que le serveur de PubMed propose d'enregistrer un fichier de type « fcgi ». L'enregistrement d'un fichier au format texte (ici « Flower.txt ») nous est apparue plus simple pour les opérations ultérieures.

IMPORTER LE FICHIER TEXTE DANS ENDNOTE®

La procédure d'importation consiste à utiliser dans le logiciel EndNote®, un filtre qui met en forme les données contenues dans le fichier texte (précédemment enregistré avec le logiciel Netscape®). Il faut donc choisir le fichier et un filtre comme indiqué sur la figure 5A. Lorsque ces deux éléments ont été déterminés, on clique sur « import » et les références apparaissent dans EndNote®. La procédure est identique dans la version 4 de EndNote®, le logiciel garde d'ailleurs en mémoire le choix du filtre d'importation ce qui simplifie la répétition de la procédure figure 5B.

CONCLUSION

La complexité apparente de l'utilisation d'un logiciel de gestion de bibliographie réside surtout dans l'utilisation de plusieurs logiciels à la fois.

La gestion des références se fait pour la plupart des opérations, entre le logiciel de traitement de texte (tel que Word®) et le logiciel de gestion de bibliographie (EndNote®). L'utilisation conjointe de la connexion Internet avec le navigateur (Netscape® ou Internet-Explorer®) permet d'enrichir la base de données des références que l'on utilise figure 6.


Figure 1.La nouvelle page d'accueil de PubMed, le Medline gratuit sur Internet. Ce site dépend de la bibliothèque nationale américaine de la santé (NLM).


Figure 2.Changement de l'aspect de la fenêtre après qu'une recherche par auteur ait été faite.


Figure 3.Deux options à sélectionner pour modifier la présentation des données relatives à une recherche et les mettre au format « Medline Report ». Lorsqu'on clique sur le bouton « Text » les changements apparaissent à l'écran.


Figure 4.Enregistrement d'un fichier texte qui contiendra toutes les données relatives à la recherche initiale (référence complète, mots clefs, résumé.) dans un format qui pourra ensuite être importé dans EndNote® 

Figure 5.

(Les tableaux sont exclusivement disponibles en format PDF).


Figure 6.Schéma illustrant l'utilisation des données de la bibliothèque nationale de médecine américaine avec le navigateur Internet pour enrichir la base de données des références sur un sujet. La connexion Internet est particulièrement courte avec cette procédure d'enregistrement d'un « Medline report ».

REFERENCE(S)

  • Desmettre T, Lebuisson DA. Les références bibliographiques rendues faciles avec EndNote 3.0. J Fr Ophtalmol 1999;22:810-7.
  • Hunt T. Endnote 3.0. Trends Biochem Sci 1998;23:268.
  • Lebuisson DA, Nguyen-Khoa JL. Stratégie d'utilisation du Medline avec Internet. J Fr Ophtalmol 1999;22:136-44.

© 2000 Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.
EM-CONSULTE.COM is registrered at the CNIL, déclaration n° 1286925.
As per the Law relating to information storage and personal integrity, you have the right to oppose (art 26 of that law), access (art 34 of that law) and rectify (art 36 of that law) your personal data. You may thus request that your data, should it be inaccurate, incomplete, unclear, outdated, not be used or stored, be corrected, clarified, updated or deleted.
Personal information regarding our website's visitors, including their identity, is confidential.
The owners of this website hereby guarantee to respect the legal confidentiality conditions, applicable in France, and not to disclose this data to third parties.
Close
Article Outline
You can move this window by clicking on the headline
@@#110903@@