Lors de la découverte d’un mélanome à un stade avancé, l’ensemble des plateformes de biologie moléculaire françaises séquencent certains exons de BRAF, KIT et NRAS dans la tumeur. Les techniques, leur sensibilité, et leur couverture varient d’un centre à l’autre. Depuis 2017, certains cliniciens se sont vu proposer grâce au programme « Expérience^® » (partenariat CHU-Roche^®) en France, une analyse externalisée par séquençage NGS (séquençage nouvelle génération) pour un panel de 315 gènes et 28 introns, choisis pour leur rôle connu dans l’oncogenèse. Nous rapportons ici l’intérêt de ce type de test dans la vraie vie à partir de l’expérience de 2 centres hospitalo-universitaires.

Étude des mutations identifiées et de leurs conséquences cliniques dans 33 cas consécutifs de mélanomes séquencés par le test NGS de FoundationOne^® par une technologie capture par hybridation de 315 gènes et 28 introns dans 2 centres hospitalo-universitaires.

Les mélanomes de 33 patients ont fait l’objet d’un séquençage FoundationOne^® d’octobre 2017 à mai 2018. Deux séquençages (6 %) étaient non contributifs du fait de la mauvaise qualité de l’ADN extrait. Tous les autres séquençages ont fait l’objet d’un compte-rendu précisant chaque altération génomique identifiée (1 à 21 altérations génomiques de forte pathogénicité prédite/mélanome, souvent typiquement UV-induites), ainsi que le statut de stabilité des microsatellites (tous stables) et la charge mutationnelle. Ces résultats mutationnels ont eu 2 grands types de conséquences cliniques : d’une part, l’introduction d’une thérapie ciblée efficace telle que le sorafénib dans un mélanome porteur d’une fusion du gène BRAF, des possibilités thérapeutiques nouvelles comme l’introduction du pazopanib pour une mutation FGFR2 et, d’autre part, l’identification de gènes de prédisposition au mélanome, certains connus, et d’autres jamais décrits. Ces mutations (non UV-induites et de fréquence allélique de l’ordre de 50 %) ont été confirmées en germinal chez 5 patients (16 %) : gènes CDKN2A, RB1 et CTNNA1 notamment.

La recherche de mutation du gène BRAF est désormais pratique courante dans les centres suivant des patients atteints de mélanome métastatique, et il existe une grande diversité de méthodes approuvées. Dans cette étude, le NGS à partir de capture par hybridation a permis d’identifier des mutations et fusions activatrices variées, ayant parfois permis d’adapter la prise en charge thérapeutique avec succès. De plus, ce NGS a permis d’identifier des mutations germinales inconnues jusqu’alors.

Un séquençage NGS large et sensible, à partir de capture par hybridation d’un panel de 315 gènes et 28 introns, pourrait ainsi servir d’aide en cas d’impasse thérapeutique ou en cas de suspicion de prédisposition familiale aux cancers encore non caractérisée.