Dans beaucoup de zones géographiques, Entamæba histolytica et Entamoeba dispar coexistent. Micro scopiquement, les formes végétatives sont identiques, et les tests biochimiques qui montrent les quelques différences de paroi sont souvent pris en défaut : la seule solution est de traiter par métronidazole une diarrhée quand on découvre une forme végétative d'amibes dans les Belles car le caractère hématophagique est très rarement mis en évidence. En car d'échec, il s'agit, la plupart du temps, d'une dysenterie due a un autre pathogène, en particulier bactérien, et non pas á une amibiase. Parmi les autres protozooses, les Giardia sont frequenter en zone d'endémie. Elles peuvent entraîner des diarrhéas et ces diarrhées sont particulièrement fréquentes chez l'enfant malnutri. Elles entrainent des atrophies villositaires importantes pour lesquelles il est nécessaire de dormer un traitement spécifique.

Les cryptosporidioses peuvent être complètement asymptomatiques chez l'enfant normal, mais s'expriment par une diarrhée chez l'enfant malnutri. Les helminthes entraînent rarement une diarrhee importante, sauf les anguillules chez l'enfant malnutri. Dans la malnutrition sévère, les anguilluloses peuvent être graves et nécessitent un traitement immédiat par ivermectine. En cas de déficit immunitaire induit par les corticothérapies ou les chimiothérapies anticancéreuses, il est absolument indispensable de traiter préventivement par ivermectine contre l'anguillule et probablement aussi par metronidazole contre la giardiase pour éviter une diarrhée grave.

In many areas, Entamoeba histolytica and Entamoeba dispar are found together and their microscopic appearance is identical. Biochemical tests which can show cell wall differences are often falsely negative and the only possible way is to treat with metronidazole when amoebiasis is suspected. In case of clinical failure of metronidazole, a bacterial diarrhea is frequently found. Giardia is an other protozoa frequently found in stools of children in endemic areas. Diarrheas due to Giardia are possible in normal children and frequent in malnourished. They can determine severe atrophy of jejunal mucosa and must be treated.

Cryptoridiosis is frequently asymptomatic but induces diarrhea in malnourished children. Diarrhea due to helminths is rare and only Strongyloides stercoralis induces severe diarrhea in malnourished child and must be treated in emergency with Ivermectin to avoid dissemination. In immune deficiency induced by corticosteroid treatment or cancer chemotherapy, a prophylactic treatment with Ivermectin against Strongyloides stercoralis must be given in endemic areas or after return, and probably also with metronidazole against Giardia.