L'examen du muscle dans la fibromyalgie par les méthodes actuellement à notre disposition montre incontestablement des anomalies. Les plus importantes d'entre elles sont objectivées par l'examen histologique en microscopie électronique : désorganisation des stries Z et anomalies quantitatives et qualitatives des mitochondries. Les méthodes biochimiques et la spectroscopie en résonance magnétique au phosphore 31 montrent des anomalies inconstantes portant sur l'ATP et la phosphocréatine. Les anomalies structurelles des mitochondries, la diminution du lit capillaire et l'épaississement de l'endothélium capillaire peuvent contribuer à la mauvaise diffusion de l'oxygène et à la diminution de la phosphorylation oxydative et de la synthèse de l'ATP. Elles ne semblent pas être la conséquence du déconditionnement musculaire souvent invoqué à l'origine des ces anomalies bien que ses conséquences soient mal connues. D'autres études du métabolisme énergétique du muscle à l'effort sont nécessaires.