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Annales de Dermatologie et de Vénéréologie
Volume 139, n° 12S
page B72 (décembre 2012)
Doi : 10.1016/j.annder.2012.10.052
Résumés des communications orales

Recherche d’agents viraux dans les lymphomes T épidermotropes par métagénomique fonctionnelle
 

O. Dereure a, , J. Cheval b, A. Du-Thanh a, V. Foulongne c, M. Eloit d
a service de dermatologie, CHRU de Montpellier, Montpellier, France 
b Pathoquest, Paris, France 
c Laboratoire de virologie, CHRU de Montpellier, Montpellier, France 
d Département de virologie, Institut Pasteur, Paris, France 

Auteur correspondant.

Mots clés : Lymphomes T épidermotropes, Séquençage haut débit, Virus


Introduction.– L’implication de virus ou rétrovirus dans les lymphomes cutanés T épidermotropes (LCTE) est très discutée et a donné lieu à des résultats expérimentaux contradictoires. Cette question reste toutefois ouverte et mérite d’autres explorations notamment par la technique de métagénomique fonctionnelle basée sur le séquençage à haut débit (SHD), méthode très puissante apte à détecter les séquences de tous les micro-organismes connus ou non présents dans le tissu cible. Cette étude pilote est la première à utiliser cette méthode dans les LCTE à la recherche de séquences d’agents infectieux et plus particulièrement viraux.

Patients et méthodes.– Une analyse de transcriptome par SHD a été réalisée sur biopsies cutanées de trois patients atteints de MF stade Ia à IIa et trois patients atteints de syndrome de Sézary. Tous les ARN ont été extraits, rétrotranscrits en ADNc, amplifiés aléatoirement et séquencés, et les séquences obtenues comparées aux bases de données. Une moyenne de 5,8 millions de séquences a été générée par échantillon, avec une moyenne de 96 nucléotides par séquence. Ces séquences appartiennent au génome humain à 91 %. Les autres séquences ont été assemblées en contigs quand cela été possible et comparées aux bases de données des micro-organismes connus.

Résultats.– Aucun transcrit viral connu ou inconnu n’a été détecté dans les lésions cutanées analysées de LCTE en dehors de quelques séquences rétrovirales endogènes communes à beaucoup d’échantillons tissulaires, indépendamment de leur origine. En outre, aucun singleton n’a montré d’homologie significative avec un virus tandis que des singletons de gènes de « ménage » (bêta-actine, bêta-2 microglobuline) ont été détectés dans chacun des six échantillons. Un certain nombre de transcrits bactériens d’origines diverses ont également été détectés, en partie liés à une contamination par la peau ou l’environnement comme récemment décrit dans une étude systématique de la surface cutanée utilisant la même méthode.

Discussion.– Cette étude menée avec une méthode extrêmement puissante n’est pas en faveur de l’implication de virus quels qu’ils soient, connus ou non, dans les LCTE. Néanmoins, certaines limites méthodologiques peuvent avoir réduit la portée de ces résultats négatifs notamment le nombre limité de patients, tous originaires d’une zone géographique particulière (sud de la France) et le fait que les patients n’étaient pas représentatifs de l’ensemble des sous-groupes de LCTE et notamment des formes folliculotropes.

Conclusion.– Il reste à déterminer si ce résultat négatif est partagée par tous les sous-groupes de LCTE, en particulier par les MF folliculotropes puisque les follicules sont des sanctuaires bien connus de divers virus tels que le VPH.

Déclaration d’intérêts .– Aucun.


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