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RFL - Revue francophone des laboratoires
Vol 43, N° 448  - janvier 2013
pp. 16-21
Doi : RFL-01-2013-43-448-1773-035X-101019-201205782
Pôle de biologie du CHU d’Angers
Entretiens avec le chef de pôle et les responsables des unités fonctionnelles
 

Entretiens conçus et rédigés par Claude Naudin
[1] 


Le TGV m’emmène vers la ville d’Angers où, sur l’invitation du Pr Dominique Chabasse, je viens effectuer, au CHU, une visite du pôle de biologie dont il est le chef. Je feuillette la plaquette créée au moment de l’inauguration. Entre les lignes, je devine que la réorganisation des différents laboratoires, la réunion en pôle et la mutualisation a donné lieu à quelques modifications structurelles et comportementales… Je choisis d’attendre d’être sur place pour apprécier.

Fort courtoisement, le mètre quatre vingt six du capitaine, chevelure d’un désordre arrangé plutôt franchement sel que poivre et moustaches assorties, fait partie du dispositif d’accueil des voyageurs. Nous rejoignons son véhicule dont la banquette arrière simule l’entrepôt d’un antiquaire et prenons la direction du CHU, tandis que mon guide commente au passage les édifices croisés sur le parcours.

En bon organisateur, D. Chabasse, une fois dans son bureau, m’indique l’emploi du temps de cette visite et me confie (« pour t’aider à rédiger » dit-il), plusieurs documents dont un de 153 pages qu’il accompagne d’un « tu trouveras tout dans cette brochure ». J’archive en silence. En fait, il s’agit d’une visite ciblée, d’une durée d’un jour, sur la partie transversale des activités du pôle. J’en prends acte en même temps que je saisis mon stylo et mon carnet de notes : le trajet du biologiste touriste commence.

Le pôle de biologie

Il consiste en la réunion de douze disciplines hospitalo-universitaires où interviennent 76 biologistes accompagnés de 239 ETP (personnel spécialisé non médical). L’organisation interne du pôle distingue :

  • 4 départements : biochimie-génétique, biologie des agents infectieux-pharmaco-toxicologie, hématologie-immunologie, pathologie cellulaire et tissulaire ;
  • des structures transversales mutualisées telles que :
    • la réception centralisée des prélèvements (RCP),
    • le plateau technique automatisé (PTA),
    • le plateau de biologie et de médecine moléculaire (PBMM),
    • la plateforme SNP, transcriptome et épigénomique ;
    • le centre de prélèvements et de consultations de spécialités ;
    • l’ensemble des services communs (logistique, etc.).

Dominique Chabasse (DC) m’affirme que la réorganisation en pôle de la biologie du CHU et son regroupement sur un site unique offrent de nouvelles opportunités favorisant l’émergence et la reconnaissance d’un pôle d’excellence.

Le PBMM

RFL Cette entité regroupe l’ensemble des laboratoires réalisant les examens de biologie moléculaire du CHU d’Angers sous la direction du Dr Odile Blanchet (OB), également responsable de l’UF d’hématologie moléculaire appartenant au département hématologie et immunologie (dont le responsable est le Dr Alain Chevailler). DC nous présente. Elle est accompagnée par le Pr Vincent Procaccio (VP) en charge de l’UF de génétique moléculaire.

OB/VP (pendant que nous nous dirigeons vers les locaux concernés) m’avertissent : La disposition des locaux a été conçue (évitement du risque de contamination ADN) sur le principe de la marche en avant, de sorte qu‘il existe trois parties distinctes composées du secteur « pré amplification », d’un secteur intermédiaire et du secteur « post amplification ».

RFL J’acquiesce. Je constate qu’il n’existe pas de marquage au sol mais un environnement barométrique spécifique : surpression (+ 15 Kpa) dans le secteur « pré » pourvu d’un sas pour changement de tenue et accès aux fongibles du secteur ; dépression (- 15 Kpa) dans le secteur « post » avec les mêmes dispositions des locaux.

OB Le PBMM est à la pointe de l’automatisation. Il est équipé de nombreux automates de pipetage réalisant les différentes étapes nécessaires à l’analyse moléculaire, automates reliés entre eux par un réseau informatique. Ce réseau d’automates de pipetage va être connecté d’une part aux autres appareils du PBMM (séquenceurs, DHPLC, HRM, qPCR…) et d’autre part au SGL. Cette automatisation a été un développement initié par le Dr Marie-Claire Malinge du laboratoire de génétique avec l’aide des industriels.

De plus, vous constaterez que chaque secteur possède son équipement logistique (laverie, autoclave, local à déchets) dit-elle (fièrement) en ouvrant l’accès à ce dernier.

RFL Surprise ! Les DASRI côtoient d’autres réceptacles de déchets ménagers et le chariot de nettoyage. Je remarque également que les secteurs techniques ne bénéficient pas de pictogrammes annonciateurs des produits dangereux (phénol, bromure d’éthidium).

OB (bonne joueuse) D’où l’intérêt d’un œil neuf… Mais les fiches de vie des pièces techniques sont en cours de rédaction.

L’unité d’hématologie moléculaire

OB (poursuivant) Dans cette unité, nous pratiquons différents examens dont la recherche du transcrit bcr-abl équivalent moléculaire de la translocation t(9;22)(q34;q11) anomalie cytogénétique spécifique de la leucémie myéloïde chronique. Dans cette maladie qui bénéficie maintenant d’un traitement ciblé (inhibiteurs de tyrosine kinase), la quantification du transcrit bcr-abl permet le suivi de la maladie résiduelle minimale et l’adaptation thérapeutique de ces patients. Une grosse activité du laboratoire est l’étude des mutations de gènes pronostiques (FLT3-ITD, NPM1, CEBPa…) des leucémies aiguës myéloïdes (LAM) ainsi que le suivi de la maladie résiduelle par différents marqueurs moléculaires (transcrits WT1, NPM1 muté, RUNX1-RUNX1T1, CBFb-MYH11). Nous réalisons cette activité pour de nombreux centres notamment de l’inter région ouest.

Le suivi des greffes de cellules souches hématopoïétiques (étude du chimérisme), constitue également une part importante de notre activité. Il permet d’adapter les traitements immunosuppresseurs en post greffe et également le suivi de la maladie résiduelle.

Enfin, nous réalisons l’étude des facteurs de la thrombophilie (c’est-à-dire la recherche de mutation de gènes prédisposant aux thromboses veineuses comme les mutations du gène du facteur V Leiden R506Q, du gène de la prothrombine G20210A et du gène de la méthyltétrahydrofolate réductase – MTHFR- C677T).

OB (continuant son rôle de guide expert) J’en profite pour vous montrer un trésor d’ingéniosité, notre « spectro Nano Drop » : 2 microlitres de solution d’ADN sont déposés et en quelques secondes vous connaissez la concentration en ng/ml.

C’est génial !

RFL (prendre des notes et suivre les pas de mon guide menaceront sans doute la qualité de ma relecture).

VP (profitant de ma pause scribe) Il y a deux caractéristiques importantes dans le fonctionnement du PBMM :

  • le regroupement des laboratoires de biologie moléculaire de l’établissement avec la mutualisation de nos activités entre les différentes UFs, qui signifie par exemple que toutes les activités d’extraction génomique du PBMM (ADN nucléaire ou mitochondrial, ARN) partagent (sauf pour le domaine infectieux) les mêmes locaux ;
  • l’existence dans chaque secteur d’une pièce réservée systématiquement et uniquement dédiée au diagnostic prénatal.

L’unité de génétique moléculaire et de cytogénétique

C’est le domaine des Prs V. Procaccio et P. Reynier. Ils prennent en charge outre les diagnostics moléculaires de nombreuses maladies génétiques dont la mucoviscidose, un ensemble de maladies neurogénétiques (voir plus bas). Cette UF est associée à plusieurs centres de référence nationaux, centre de référence pour les pathologies liées à la réceptivité hormonale, centre de référence de neurogénétique, et des maladies mitochondriales (atrophie optique héréditaire-maladie de Leber, encéphalopathie de l’enfant-syndrome de Leigh). Elle est en effet un centre expert en génétique mitochondriale. La mitochondrie a cette particularité de posséder son propre ADN (voir encadré 1) et d’être associée à bon nombre de maladies génétiques.

RFL (Au hasard d’une porte qui s’ouvre, nous rencontrons le Dr Delphine Prunier (DP)).

DP Je travaille en endocrinologie moléculaire et sur les pathologies thyroïdiennes en particulier qui impliquent des mutations du gène RET. Ce gène donne lieu à des cancers papillaires par réarrangements somatiques et à des néoplasies endocriniennes multiples (NEM) sous l’effet de mutations germinales. Il en existe plusieurs types (voir encadré 2). Lorsque le père ou la mère présente un CMT (cancer médullaire de la thyroïde) l’enfant, s’il est porteur de la mutation, doit bénéficier d’une thyroïdectomie.

En fait, et pour faire court, ces mutations provoquent une suractivité de la protéine RET qui de façon autonome stimule la croissance et la différenciation cellulaire conduisant ainsi à des processus tumoraux endocriniens. Le gène RET est ainsi un proto oncogène.

RFL (admiratif) Vous avez d’autres sujets d’intérêt ?

DP L’équipe travaille également sur le mélanome métastatique dans le cadre des protocoles de thérapie ciblée. Le gène BRAF code pour B-RAF (voir encadré 3), une protéine qui intervient dans la signalisation du processus de croissance cellulaire. Il est ainsi possible d’envisager un traitement chez les patients dont les tumeurs contiennent une mutation du codon 600 du gène BRAF.

OB (la visite continue) Nous entrons maintenant dans le secteur dit intermédiaire où se trouvent les systèmes d’amplification.

RFL (OD ouvre une porte) Je ne peux m’empêcher de prendre une photo de la trentaine de « thermocycleurs » bien alignés sur deux files (dont certains en PCR temps réel).

Nous gagnons ensuite la zone « post » après avoir franchi le sas de dépression. Des techniciens du service biomédical sont en train de poser des capteurs de pression (raccordés bien sûr…).

Quelques séquenceurs permettent l’interprétation des amplicons obtenus.

OB La zone post amplification regroupe l’ensemble des disciplines y compris le secteur infectieux (virologie, bactériologie et parasitologie) qui possède en revanche un secteur pré amplification spécifique.

La plateforme STE (SNP, transcriptome et épigénomique)

Cette plateforme, dont le responsable est le Dr Philippe Guardiola gère différentes activités à haut degré de technicité (et de compétence…).

  • Évaluation des facteurs pronostiques orientant le traitement des patients atteints de leucémies aiguës ou lymphoïdes chroniques (analyse sur les CD3+ à partir de l’ARN rétro-transcrit).
  • Identification d’anomalies du nombre de copies d’ADN en pathologies constitutionnelles.
  • Étude(s) du transcriptome, du méthylome de différents systèmes cellulaires (voir encadré 4), comme des cellules folliculeuses chez les patientes atteintes d’insuffisance ovarienne, avec le Dr May-Panloup, responsable du laboratoire de biologie de la reproduction.
  • Séquençage haut débit (détection de mutations, séquençage de novo à l’aide de la technologie Ion Torrent/Life Technologies

Cette unité participe à de nombreux projets de recherche avec les équipes du site angevin, et travaille aussi en collaboration sur des projets de génomiques avec différentes équipes françaises (Grenoble, Nantes, Tours, Reims, Brest, Paris, Versailles, Besançon) et internationales (Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle, Karolinska Institutet de Stockholm, entre autres).

En fin d’après-midi, je rencontre le Dr Marie-Claire Malinge (MCM), référente – entre autres – pour le diagnostic de différentes maladies neurogénétiques. Laissons-la prendre la parole.

MCM En tant que PH dans l’unité de génétique, j’ai en charge les examens des caractéristiques génétiques à des fins médicales pour les activités de génétique moléculaire suivantes : la sclérose tubéreuse de Bourneville (laboratoire référent, réception de prélèvement de quasiment toute la France mais aussi de l’étranger : Portugal, Suisse, Espagne…), la maladie de Charcot Marie et Tooth (laboratoire référent, réception de prélèvement de la région grand-ouest), de maladies neurogénétiques autres (maladie de Steinert, Friedreich, SCA….), l’hémochromatose, de la mucoviscidose notamment. J’ai aussi largement participé à la conception d’automates permettant d’exécuter les différentes étapes nécessaires à l’analyse moléculaire dans le laboratoire (extraction de l’ADN à partir de grands volumes de sang, préparation de la PCR, purification d’acides nucléiques et réaction de séquence) et à la mise au point de techniques de diagnostics moléculaires dans le domaine des pathologies neurogénétiques notamment.

RFL Quelques exemples ?

MCM Oui bien sûr…

  • La maladie de Huntington, localisation 4p16.3 avec répétition du triplet CAG. Le diagnostic moléculaire permettant de confirmer le diagnostic clinique chez les sujets atteints, de réaliser un test pré-symptomatique pour les apparentés et de proposer un diagnostic prénatal ou préimplantatoire.
  • La sclérose tubéreuse de Bourneville impliquant deux gènes TSC1 au locus 9p34 et TSC2 au locus 16p13.3 (les deux gènes sont des suppresseurs de tumeur, l’un codant pour l’harmatine et l’autre pour la tubérine ; l’hétérodimère ainsi constitué régule la croissance et la prolifération cellulaire par inhibition de la protéine mTOR à l’origine de la synthèse protéique et du passage en G1).
  • La maladie de Goltz : développement du diagnostic de cette maladie afin de pouvoir répondre à la demande de diagnostic prénatal d’une famille française (sujet atteint étudié en Allemagne mais ce laboratoire ne réalise pas le diagnostic anténatal pour cette maladie).
  • La maladie de Charcot ou sclérose latérale amyotrophique.
  • Le syndrome de West.

RFL (je reste silencieux) En l’espace de quelques minutes je viens d’apprendre beaucoup… !

Vers 18 h 45, Dominique Chabasse vient m’extraire de cet entretien passionnant. Tandis que nous nous dirigeons vers l’ascenseur, je remarque empilés dans le couloir quelques sacs de déchets étiquetés « CHU d’Angers ».

DC (d’un soupir souriant et regardant sa montre) Ah, Claude… dans moins d’une demi-heure, ils ne seront plus là, mais je note !

D’aucuns pourraient croire qu’après cette longue demi-journée riche d’informations et d’explications scientifiques de haut niveau, l’auteur de ces lignes aurait pu bénéficier d’un repos mérité. Pas du tout ! Avec D. Chabasse, le temps plein n’a pas de limite !

Nous nous retrouvons donc en compagnie d’O. Blanchet dans un resto sympa de la zone piétonnière. J’y découvre en apéritif, la douceur et la présence en bouche d’un Coteau de l’Aubans et pour accompagner la version carnée de notre repas, un Anjou Village rouge au nez, à la robe et à la saveur qu’un encadré ne pourrait résumer (mais j’ai noté l’adresse).

Le lendemain, après avoir découvert quelques bribes de la vie quotidienne au travers des vitres du tramway, j’ai rendez-vous, selon le programme chabassien minuté, avec les biologistes en charge de la réception centralisée des prélèvements (RCP) et du plateau technique automatisé (PTA).

D. Chabasse m’accompagne sur le site et je lui demande quelques instants de liberté pour observer le secteur.

La RCP

Plusieurs centaines de m2 réunissent la tuyauterie pneumatique pour l’arrivée des prélèvements (en pochettes « parachutes »), l’automate AU 2550 (Beckman Coulter) servant à la validation de la réception des prélèvements (acquittement) et l’AU 800 gérant la centrifugation et l’aliquotage des tubes non concernés par l’APS (Automate sample Processing System) : ces tubes migrent alors vers les UF spécialisées à l’aide du circuit automatisé des balancelles. Une longue paillasse sert d’interface humaine avec le plateau technique, chaque opérateur venant chercher ses portoirs de tubes.

Restons quelques instants au niveau de cette RCP dont je demande au Dr Annie Marteau-Tessier (AMT) de me décrire les fondamentaux de l’organisation.

AMT Il faut distinguer le circuit de la prescription connectée représentant 80 % des prescriptions, des autres parcours des prélèvements biologiques.

Le système choisi par le pôle a marié des compétences diverses :

  • SwissLog pour le système logistique des prélèvements des patients hospitalisés,
  • Crossway pour la prescription connectée,
  • Glimms pour la gestion de notre système d’informations (SIL).

RFL Quel contrôle exercez-vous sur la prescription ?

AMT Le système AU 2550 nous permet de vérifier les différentes cohérences et notre dispositif d’accueil est très sensibilisé à l’identito vigilance.

RFL Ma question concernait plutôt la pertinence de la prescription et notamment la redondance…

AMT Le logiciel de prescription connectée ne permet pas de signaler les redondances, malgré la demande des biologistes et des cliniciens.

RFL C’est surprenant lorsque nous vient à l’esprit la référence 21 du manuel de certification V3 HAS, non ? Combien de collaborateurs ?

AMT Pour la première question, nous travaillons avec les cliniciens dans le cadre d’un comité clinique et biologie pour améliorer les pratiques de prescription… pour la seconde 19,6 ETP.

RFL Décrivez-moi la réception via le pneumatique.

AMT 14 lignes réparties sur le CHU permettent aux services d’envoyer leurs prélèvements qu’il s’agisse ou non d’une prescription connectée. Les « tubes connectés » sont immédiatement dirigés et chargés sur l’automate d’acquittement (AU 2550), tandis que ceux qui sont accompagnés d’une feuille de prescription (cases à cocher) bénéficient d’un enregistrement classique, comme ceux qui nous sont délivrés au guichet d’accueil des consultations externes voisines ou ceux issus des circuits de ramassage auprès des centres de soins divers périphériques.

RFL Côté non conformités ?

AMT Je suppose que vous ne serez pas surpris d’apprendre qu’il y en a quelques-unes…

RFL (l’euphémisme me fait sourire) Comment les traitez-vous ?

AMT Pour l’instant, les techniciens remplissent une fiche « papier », la non-conformité est tracée et gérée sur le SIL par le biologiste. La procédure de gestion des non conformités doit être revue, validée par l’ensemble du pôle et doit être présentée à la direction des soins. Quand la situation sera plus claire, les techniciens pourront gérer les non conformités directement dans le SIL

RFL (je partage cette attente et lui accorde un soutien… silencieux).

AMT De nombreuses difficultés ont déjà été résolues, mais nous rencontrons encore des défaillances ; par exemple la dématérialisation de la prescription (carte CPS du prescripteur) est satisfaisante, mais le plan de prélèvement doit être validé par l’IDE préleveuse et nous devons traiter quelque 60 appels par jour causés par l’oubli de cette validation (sur 3 000 prescriptions quotidiennes) ; c’est chronophage et fastidieux. Les autres problèmes classiques d’incohérence entre prescriptions et échantillons sont également rencontrés comme dans tout LBM, mais la plupart sont détectés par l’automate AU 2550.

Le PTA

RFL (mon programme indiquant également un stage sur le plateau technique automatisé-PTA-) Je me dirige vers le Dr Valérie Moal (VM), PH responsable de ce PTA à qui je demande une rapide présentation, compte tenu du fait qu’elle a rendez-vous avec des visiteurs confrères (déjà présents…).

VM Nous réalisons sur le PTA 170 paramètres (biochimie, hématologie hémostase, pharmacologie, hormonologie, sérologie virale, bactérienne et parasitaire, immunologie). Notre processus d’examens est organisé en s’appuyant sur 2 chaînes : la chaîne APS et la chaîne Sysmex. La chaîne APS distribue les échantillons à 3 C 16000 et 3 i 2000 (Abbott Diagnostics) ; l’hémostase est équipée de deux ACL Top (IL) La chaîne Sysmex en hématologie se compose de deux compteurs XE 5100, d’un étaleur/colorateur (150 à 200 lames par jour), d’un trieur TE500 et d’un interliner pour les vitesses de sédimentation. La cytologie microscopique est transférée dans le laboratoire de spécialité.

Enfin, nous avons un îlot comprenant deux Liaison® (Diasorin) pour la sérologie infectieuse et l’hormonologie, deux Vidas (bioMérieux), un I1000 et un Kryptor (T21 et PCT).

Au total, 30 techniciens polyvalents travaillent sur ce plateau multidisciplinaire fonctionnant 24/24. L’équipe de nuit du PTA (2 techniciens) assure lui-même le pré-analytique la nuit.

RFL Je la remercie de ces précisions et laisse mon appareil photo prendre quelques clichés en fonction de ses tropismes (D. Chabasse me rappelant à l’ordre en montrant du doigt (et de loin) le cadran de sa montre, je retourne vers la RCP ranger mes « outils »).

Après un déjeuner sur le pouce, il est l’heure de nous séparer ; D. Chabasse se dirige vers ses obligations universitaires et je reprends mon tram vers la gare. Dans le TGV du retour, les images de ce complexe moderne et innovant se superposent à la grille de sudoku que j’ai posée sur la tablette. Les trois niveaux de la structure et les missions associées, les larges couloirs aux couleurs pastel harmonieusement mariées, les locaux techniques, les moyens matériels analytiques et logistiques, les zones sous contrôle barométrique, le L3, l’évidente motivation des équipes et la sérénité ressentie des relations humaines, tout n’est qu’invitation…

De plus, nombre des équipements présents dans les UF sont des investissements hospitaliers. Le message est clair : dès que possible et au plus tôt, la qualité des soins prodigués aux patients bénéficie de l’expertise et de la connaissance.





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