Une des limites majeures du traitement antirétroviral chez les patients infectés par le VIH est le risque d'émergence de résistance avec, pour conséquence, l'échec thérapeutique. Comme pour les adultes infectés par le VIH, la prévalence de la résistance chez les enfants avec une charge virale détectable malgré un traitement antirétroviral est de 80 %. La fréquence de la résistance augmente en fonction du nombre de traitement auquel a été exposé l'enfant, en particulier les traitements avec des inhibiteurs de protéase. Il est observé une résistance aux trois classes thérapeutiques plus importante chez les garçons adolescents, probablement pour des problèmes liés à l'observance au traitement, garant de l'efficacité. Chez les nourrissons infectés par le VIH, la prévalence de la résistance est de 20 %. Pour la plupart, les mutations de résistance observées sont associées aux traitements auxquels a été exposé le nouveau-né pendant la grossesse. Le mécanisme principal est la transmission de souches virales résistantes de la mère à l'enfant avec archivage précoce de la résistance dans les cellules lymphocytaires et persistance au cours du temps avec ou sans traitement. Cela a des conséquences majeures sur la prise en charge thérapeutique de l'enfant à long terme.

Limit of antiretroviral treatment success is the emergence of drug-resistant virus. As reported in adult population, prevalence of resistance was high in treated HIV-infected children with detectable HIV viral load. Resistance increased with number of prior antiretroviral treatments, particularly with protease inhibitors. Adolescent boys seem at greater risk to harbor multi-classes resistant virus. In HIV-infected newborns, prevalence of resistance was 20%. Most of resistance mutations detected were in accord to perinatal antiretroviral exposition. Principal mechanism of resistance acquisition in newborns was transmission of resistant viruses from mother to child with early archive in cellular reservoir and long term persistence with or without treatment. Consequences of long term therapeutic strategies in children are major.