Si la place des allèles DRB1 dans la polyarthrite rhumatoïde (PR) est incontestable, celle des allèles HLA-DQ et DP reste l'objet de controverses. Les premiers travaux sur les gènes DQB1 dans la PR ont étudié la fréquence des deux sous-types du DQB1*03 en déséquilibre de liaison avec le DR4, les allèles DQB1*0301 (DQw7) et *0302 (DQw8). Les résultats observés sont très variables selon les équipes et sont difficilement interprétables en l'absence de détermination, par la biologie moléculaire, du polymorphisme de la spécificité DR4. Aucune des études les plus récentes ne semble retenir un rôle des allèles DQB1 dans la susceptibilité génétique de la PR. Quelques travaux suggèrent une influence des allèles DQ dans l'expression clinique ou biologique de la maladie, peut-être par le biais d'une complémentarité d'action entre les allèles DRB1 et DQB1. Une telle complémentarité DR-DQ est observée dans le modèle expérimental des souris transgéniques DQ8, mais le modèle murin est difficilement transposable à l'homme. Le rôle des allèles DPB1 reste encore très hypothétique, avec peut-être une influence de certains allèles dans les formes les moins graves. L'existence d'un fort déséquilibre de liaison entre les allèles DQB1 ou DPB1 d'une part, et les allèles DRB1 d'autre part, ne permet pas actuellement de conclure sur la place exacte de ces différents loci dans la PR. Des travaux restent à faire pour déterminer si, en fait, les déséquilibres de liaison observés sont susceptibles ou non d'influencer la survenue d'une pathologie auto-immune.

Whereas the DRB1 alleles have well-established associations with rheumatoid arthritis (RA), the DQ and DP alleles are of more controversial relevance to RA. Early studies of the DQB1 genes in RA determined the frequencies of the two DQB1*03 subtypes that are in linkage disequilibrium with DR4, DQB1*0301 (DQw7) and *0302 (DQw8). Their results are conflicting and difficult to interpret because molecular biology techniques for determining DR4 specificity polymorphism were not available at the time. None of the more recent studies found compelling evidence that the DQB1 alleles influenced the susceptibility to RA. A few studies suggest that the DQ alleles may influence the clinical or biological expression of the disease, perhaps through a complementary effect of the DRB1 and DQB1 alleles. DR-DQ complementarity has been demonstrated in the DQ8 transgenic mouse model, although this is not necessarily relevant to the human disease. The role of DPB1 remains hypothetical but may involve an influence of some alleles in relatively mild forms of RA. The DQB1 and DPB1 alleles are in strong linkage disequilibrium with the DRB1 alleles, making the elucidation of their independent effects a challenging task. Studies are needed to determine whether these linkage disequilibriums can influence the development of autoimmune diseases.