L'examen anatomopathologique du cerveau est utilisé dans la recherche des soubassements organiques de la schizophrénie depuis les premières descriptions de cette pathologie. Les avancées technologiques ont relancé les recherches en ce domaine à la fin du xx^e siècle. Si aucune anomalie pathognomonique n'a été retrouvée, la littérature concernant ce sujet s'est progressivement étoffée, mettant à jour de nombreuses pistes et anomalies, souvent subtiles, parfois présentes dans d'autres troubles et quasi constamment soumises à controverse. Ces différentes découvertes sont autant de pièces d'un puzzle complexe qui pourrait englober des altérations développementales et des réactions inflammatoires avec des atteintes touchant plus particulièrement certaines zones du cerveau. Des études récentes se sont notamment intéressées aux anomalies de la substance blanche et de la connectivité neuronale. D'autres études se sont concentrées sur le lobe frontal et la formation hippocampique où des altérations des volumes régionaux, de la densité neuronale, du volume des neurones et du nombre des épines dendritiques ont été mises en évidence. Le rôle physiopathologique précis de ces anomalies reste toutefois à élucider.