La métagénomique ciblée (« metabarcoding ») apporte de nouvelles connaissances sur les écosystèmes microbiens. Elle fournit un inventaire quasi-exhaustif des communautés présentes. Elle est de plus en plus utilisée pour caractériser la composition microbiologique des environnements intérieurs et extérieurs de logements. Des travaux ont ainsi évalué la composition des communautés fongiques et bactériennes à travers différentes techniques de prélèvements (écouvillons, poussière aspirée ou capteurs passifs de poussières) et via différentes technologies de séquençage haut débit (pyroséquençage Roche 454 et/ou technologie Illumina MiSeq ou HiSeq).

Notre étude préliminaire avait pour objectif d’évaluer une technique de métagénomique fongique ciblée et l’analyse bio-informatique qui en découle à partir d’échantillons calibrés et d’utiliser cette approche à partir de prélèvements réalisés par capteurs électrostatiques de poussières (EDC), dans des logements ne présentant pas de problèmes d’humidité ou d’insalubrité.

Ainsi, les communautés fongiques de 14 logements (Franche-Comté) ont été analysées après amplification de la région ITS2 (amorces ITS3 et ITS4). Toutes les étapes d’amplification, d’indexage des échantillons et purifications ont été réalisées dans notre laboratoire. Le séquençage (Illumina MiSeq v3, 2×300 pb) a ensuite été sous-traité chez Microsynth (Suisse). Les résultats du séquençage ont ensuite été analysés avec le pipeline MOTHUR. Après les différentes étapes de traitement des données, les mélanges artificiels et les échantillons provenant des logements représentaient respectivement 344 672 et 1 158 758 séquences.

L’utilisation de mélanges artificiels (mélanges équimolaires pré- et post-PCR, et mélanges non équimolaires de 11 espèces de levures et moisissures) a permis de valider l’étape de regroupement en OTUs (Operational Taxonomic Units). Ces échantillons calibrés ont aussi montré un faible biais d’amplification, un faible taux d’erreur de séquençage, et ont permis de vérifier le caractère semi-quantitatif de la technique. Seule une espèce présente dans les mélanges artificiels (Lichtheimia corymbifera) s’est révélée sous-amplifiée. Ce déficit de performance est dû à la présence de deux bases différentes chez cette espèce par rapport à l’amorce ITS3.

L’analyse des échantillons des logements a permis d’identifier 3594 OTUs. Les 30 genres principaux représentent 75 % des séquences obtenues (« reads »). Parmi ceux-ci figurent les genres habituellement retrouvés par les techniques de culture (Penicillium, Aspergillus et Cladosporium) ou d’autres habituellement moins isolés en culture comme Epicoccum, qui est le 4^e genre détecté. Un des avantages de cette technique est qu’elle permet d’identifier les basidiomycètes, de culture et d’identification difficile, qui représentent pourtant 20 % des données issues des logements analysés.

Des analyses sont actuellement en cours pour évaluer l’impact des caractéristiques des logements sur ces communautés. Dès à présent, la métagénomique appliquée aux EDC semble prometteuse. Elle pourra être utilisée en parallèle de la qPCR, pour avoir une vision globale de l’écologie microbienne et une quantification relative des espèces au sein des communautés.