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Comparaison du microbiote d’un patient atteint de mucoviscidose et de son environnement domestique par NGS - 16/06/16

Doi : 10.1016/j.mycmed.2016.04.022 
L. Delhaes 1, , C. Thumerelle 2, N. Wizla 2, D. Turcq 2, F. Botterel 1
1 Laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU de Bordeaux, Université de Bordeaux, Bordeaux, France 
2 Service de pédiatrie et CRCM pédiatrique de Lille, CHRU de Lille, Université de Lille 2, Lille, France 

Auteur correspondant.

Resumen

Résumé

Le microbiote pulmonaire est aujourd’hui considéré comme une communauté poly-microbienne composée de bactéries (bactériote), de virus et phages, mais aussi de micromycètes (mycobiote) [1, 2, 3, 4]. Dans le cas de la mucoviscidose–qui nous intéresse dans ce travail–la composition de ce microbiote est corrélée à l’évolution clinique des patients [1, 2, 3, 4].

Nous rapportons ici la caractérisation par séquençage haut-débit, des microbiotes bactériens et fongiques respiratoire et de l’environnement intérieur immédiat d’une patiente mucoviscidosique. Cette patiente était porteuse d’une atteinte pulmonaire assez sévère avec aspergillose bronchopulmonaire allergique (ABPA), compliquée au moment de l’analyse NGS d’une exacerbation pulmonaire aiguë. Le recueil de la contamination environnementale intérieure a été réalisé grâce au dépôt d’un piège à poussière durant 10 semaines dans la chambre de la patiente, selon le protocole établi en étroite collaboration avec l’équipe du CHU de Besançon [5]. Les résultats et l’intérêt clinique d’une telle approche sont discutés, en tenant compte des études récentes [6, 5] montrant l’importance de l’exposition fongique comme facteur favorisant la survenue d’une ABPA dans la mucoviscidose.

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Vol 26 - N° 2

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