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Sequence analysis and ploidy determination of cryptococcus neoformans var. neoformans - 04/03/08

Doi : JMM-12-2000-10-4-1156-5233-101019-ART1 

M. Cogliati [1],

M. Allaria [1],

G. Liberi [2],

A.M. Tortorano [1],

M.A. Viviani [1]

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Abstract

Purpose

The aim of the present study was to clarify the relation between serotype A, D and AD isolates of Cryptococcus neoformans var. neoformans .

Materials and methods

Thirty-four isolates of C. neoformans var. neoformans were serotyped by Crypto Check (Iatron Labs., Japan) and genotyped by PCR fingerprinting with (GACA) 4 primer, and their DNA content was determined by flow cytometry. In addition, 14 strains were selected to establish the nucleotide sequences of four PCR-fingerprinting major bands (420, 475, 540, and 800 bp).

Results

By PCR-fingerprinting analysis the 34 strains were subdivided into three groups: 11 serotype D strains were identified as genotype VN1, seven serotype A strains as genotype VN6, and 16 serotype A, D or AD isolates as an intermediate group, including VN3 and VN4 genotypes, in which different combinations of the major bands characteristic of the VN1 and VN6 genotypes were present. The 540 bp band was observed in all the strains selected for sequencing. Sequence analysis of this band from four strains of the intermediate group demonstrated points of heterozygosity at 27 sites where VN1 and VN6 sequences differed. Flow cytometry revealed that all VN6 and all but one VN1 strains were haploid, like the reference strains NIH B3501 and NIH B3502. On the contrary, VN3 and VN4 isolates had a double DNA content. The results of this study suggest that VN3 and VN4 isolates are diploid.

Abstract

Analyse de séquence et détermination de ploïdie deCryptococcus neoformans var. neoformans

But

Le but de cette recherche a été de comprendre la relation existant entre les souches de sérotypes A, D et AD de Cryptococcus neoformans var. neoformans .

Matériels et méthodes

Trente quatre souches de C. neoformans var. neoformans ont été sérotypées par agglutination (Crypto Check ®, Iatron Labs., Japan). Le profil moléculaire a été déterminé par amplification en chaîne par polymérase (PCR) à l'aide de l'amorce (GACA) 4 et le taux d'ADN quantifié par cytofluorimétrie en flux. Par ailleurs, 14 souches ont été sélectionnées pour séquençage des 4 bandes majeures (420, 475, 540 et 800 bp) visualisées par PCR.

Résultats

L'analyse des empreintes génétiques a permis de répartir les 34 souches entre 3 groupes : 11 souches appartenant au sérotype D présentaient le génotype VN1, 7 souches appartenant au sérotype A présentaient le génotype VN6 et 16 souches appartenant aux sérotypes A, D ou AD ont constitué un groupe intermédiaire comportant les génotypes VN3 et VN4. Dans ce dernier groupe, nous avons mis en évidence la présence simultanée et en combinaison variable, des bandes majeures caractéristiques soit du génotype VN1 soit du génotype VN6. La bande de 540 bp était présente dans toutes les souches sélectionnées pour le séquençage. L'analyse de séquence de cette bande a été réalisée à partir de 4 souches présentant le génotype intermédiaire : 27 points d'hétérozygotie ont été mis en évidence dans les sites mêmes où les séquences des souches VN1 et VN6 étaient différentes. L'étude par cytofluorimétrie en flux a démontré que toutes les souches VN6 et toutes les souches VN1 sauf une, étaient haploïdes de même que les souches de référence NIH B3501 et NIH B3502. Inversement le taux en ADN des souches VN3 et VN4 était double par rapport à celui des génotypes VN1 et VN6. Ces résultats permettent d'affirmer que les souches appartenant aux génotypes VN3 et VN4 sont diploïdes.


Mots clés : Cryptococcus neoformans. , Ploïdie. , Empreintes génétiques par PCR.

Keywords: Cryptococcus neoformans. , Ploidy. , PCR fingerprinting.


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Vol 10 - N° 4

P. 171 - décembre 2000 Regresar al número
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