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Highlights of DNA Barcoding in identification of salient microorganisms like fungi - 05/12/16

Doi : 10.1016/j.mycmed.2016.05.006 
E.L. Dulla a, C. Kathera c, H.K. Gurijala a, b, T.R. Mallakuntla b, P. Srinivasan b, V. Prasad c, R.D. Mopati b, P.K. Jasti a,
a Department of Biotechnology, Sri Venkateswara University, Tirupati, Andhra Pradesh 517502, India 
b Department of Microbiology, Sri Venkateswara University, Tirupati, Andhra Pradesh 517502, India 
c Jiangsu key laboratory for Molecular and Medicak Biotechnology, College of life sciences, Nanjing normal university, Nanjing, China 

Corresponding author.

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Summary

Fungi, the second largest kingdom of eukaryotic life, are diverse and widespread. Fungi play a distinctive role in the production of different products on industrial scale, like fungal enzymes, antibiotics, fermented foods, etc., to give storage stability and improved health to meet major global challenges. To utilize algae perfectly for human needs, and to pave the way for getting a healthy relationship with fungi, it is important to identify them in a quick and robust manner with molecular-based identification system. So, there is a technique that aims to provide a well-organized method for species level identifications and to contribute powerfully to taxonomic and biodiversity research is DNA Barcoding. DNA Barcoding is generally achieved by the retrieval of a short DNA sequence – the ‘barcode’ – from a standard part of the genome and that barcode is then compared with a library of reference barcode sequences derived from individuals of known identity for identification.

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Résumé

Les champignons, deuxième plus grand royaume de la vie eucaryote, sont diverses et ubiquitaires. Ils jouent un rôle particulier dans la production de différents produits à l’échelle industrielle comme des enzymes fongiques, des antibiotiques, des aliments fermentés, etc., pour donner une stabilité au stockage et une meilleure santé pour répondre aux grands défis mondiaux. Pour utiliser parfaitement les algues pour les besoins humains, et ouvrir la voie pour obtenir une relation saine avec les champignons, il est important de les identifier d’une manière rapide et robuste avec un système d’identification moléculaire. Ainsi, il y a une technique qui vise à fournir une méthode bien définie pour les identifications au niveau des espèces et pour contribuer puissamment à la recherche taxonomique et sur la biodiversité qui est l’ADN Barcoding. L’ADN Barcoding est généralement obtenue par la récupération d’une courte séquence d’ADN – le « code à barres » – à partir d’une partie standard du génome et ce code à barres est ensuite comparé à une banque de séquences de codes à barres de référence provenant de micro-organismes d’identité connue permettant l’identification.

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Keywords : Fungi, DNA Barcoding, ITS, Identification technique, DNA sequence

Mots clés : Champignon, DNA Barcoding, ITS, Technique d’identification, Séquence DNA


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Vol 26 - N° 4

P. 291-297 - décembre 2016 Regresar al número
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  • Antifungal activity and influence of propolis against germ tube formation as a critical virulence attribute by clinical isolates of Candida albicans
  • N.S. Haghdoost, T.Z. Salehi, A. Khosravi, A. Sharifzadeh

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